Hudák ako sudca zažaloval ministerstvo za návrhy na disciplinárne konanie, ktoré na neho podal práve Lipšic. V prvom prípade sa podľa exministra dostal pre Hudákovu procesnú chybu na slobodu vrah z väzby, v druhom prípade zase Najvyšší súd SR zrušil rozsudok na doživotie, ktorý vyniesol Hudák, lebo rozhodol skôr, ako posúdil námietku zaujatosti. Najvyšší súd SR však neskôr ako disciplinárny súd rozhodol, že sudca Hudák v dvoch žalovaných prípadoch nepochybil.
Poslanec Národnej rady SR za KDH Daniel Lipšic očakáva, že slovenská vláda bude iniciovať mimoriadne dovolanie k tomuto rozhodnutiu. Zároveň dodal, že nepredpokladá, že kroky v tomto smere podnikne rezort spravodlivosti. K ministerstvu sa kriticky vyjadril v tom zmysle, že počas celého súdneho konania ho nedalo predvolať ako svedka, nespochybňovalo samotný nárok na odškodné, iba jeho výšku.
Rezort spravodlivosti sa voči rozhodnutiu okresného súdu odvolal s tým, že výška odškodnenia, ktorú Hudák žiadal, nezodpovedá miere poškodenia jeho povesti. Krajský súd ako odvolací orgán, ktorý potvrdil rozhodnutie okresného súdu, zdôvodnil, že došlo k neoprávnenému zásahu do spoločenského postavenia Hudáka. „Celý tento prípad bol medializovaný, dozvedela sa o ňom široká verejnosť ešte skôr, ako o ňom rozhodol Najvyšší súd SR ako disciplinárny súd,“ povedala predsedníčka senátu.
Ďalší rozpor Lipšic vidí v tom, že Hudák žaloval ministerstvo až po voľbách v roku 2006, krátko po tom, ako sa ministrom stal Štefan Harabin. „To považujem za škandál, že pán Hudák nepodal žalobu v čase môjho ministrovania, ale až osem dní po nástupe ministra Harabina,“ vyhlásil.
Ministerstvo spravodlivosti považuje obvinenia Lipšica na Hudáka za nepravdivé. Podľa stanoviska MS SR, ktoré poskytol hovorca Michal Jurči, „ak je poslanec Daniel Lipšic čestný, tak prijme zodpovednosť za svoje mediálne útoky voči sudcovi Danielovi Hudákovi a 33 193 eur zaplatí zo svojho, aby za jeho klamstvá nemuseli platiť občania.“
Lipšic však stále trvá na tom, že pre Hudákovu chybu sa dostal na slobodu vrah z väzby a popiera, že by išlo o klamstvá. „Na Slovensku už bolo pomerne veľa prípadov, keď sa pre procesné chyby sudcov na slobodu dostali páchatelia mimoriadne závažných trestných činov. O rovnaký prípad išlo aj u sudcu Hudáka. Ak procesné chyby niektorých sudcov ohrozujú bezpečnosť slušných ľudí v tejto krajine, považujem za neprijateľné, aby následne boli títo sudcovia odškodňovaní,“ vyhlásil Lipšic a opýtal sa, kto odškodní obete trestných činov.
Rozhodnutie súdu exminister nevedel komentovať, keďže ho nevidel, považuje ho však za zvláštne a je to podľa neho určitý varovný signál o stave časti našej justície.