Ústavný súd 29. júna 2011 Štefana Harabina na návrh ministerky spravodlivosti disciplinárne potrestal znížením funkčného platu o 70 percent na obdobie jedného roka za odmietanie kontroly rezortu financií na najvyššom súde.
Harabin v septembri 2011 podal sťažnosť, ktorú Európsky súd pre ľudské práva ESĽP prijal na prednostné prerokovanie. Harabin v sťažnosti namietal, že o ňom rozhodovali aj zaujatí sudcovia, verdikt sa nedá preskúmať a krátenie platu o vyše 50-tisíc eur za rok je neprimerané, navyše sa nemal kam odvolať. Žiadal späť vyše 50-tisíc eur, o ktoré trestom prišiel, ako aj odškodné 100-tisíc eur za morálnu ujmu.
Európsky súd pre ľudské práva vo svojom rozsudku dospel k záveru, že vo veci nerozhodoval nestranný súd. Išlo o námietky zaujatosti voči niektorým sudcom ÚS, ktorí však neboli vylúčení z konania. ESĽP zamietol Harabinov nárok na náhradu škody a priznal sťažovateľovi 3-tisíc eur z titulu nemajetkovej ujmy.