Historika mal nahnevať článok v médiách, v ktorom riaditeľ ÚPN Ondrej Krajňák komentoval aj jeho osobu. Dôvodom bola Lackova štúdia o bombardovaní bratislavskej rafinérie Apollo americkým letectvom v roku 1944. Krajňák nesúhlasil so zadaním štúdie, podľa neho má ústav mapovať zločiny nacizmu a komunizmu. Tvrdil, že vypracovanie dokumentu bolo Lackovou svojvoľnou aktivitou. „Ak Krajňák tieto slová naozaj vyslovil, môžem konštatovať, že buď si nepamätá – a teda pamäťový ústav vedie človek s problematickou pamäťou – alebo úmyselne klame a zavádza," napísal Lacko na svojej webovej stránke. Podľa neho spomenutá štúdia nebola „svojvoľnou aktivitou“, ale témou riadne odsúhlasenou riaditeľom sekcie vedeckého výskumu ÚPN a riaditeľ ju mal k dispozícii asi tri mesiace.
Okrem toho Lacko napísal, že ústav je pod Krajňákovým vedením v rozvrate, a obvinil ho z pokrytectva a zavádzania. Naznačil tiež, že ÚPN sa zapojil do predvolebnej kampane KDH. Denníku Pravda sa v piatok s historikom nepodarilo skontaktovať.
Lackov komentár považoval Krajňák za verejné vystúpenie proti zamestnávateľovi a poškodenie jeho dobrého mena. To bolo dôvodom na to, aby mu 25. augusta dal okamžitú výpoveď. „Právnou analýzou bolo zistené, že článok Martina Lacka obsahuje viaceré nepodložené a urážlivé tvrdenia. Charakter článku je odporujúci zásadám slušného správania, v rozpore s etickým kódexom, poškodil dobré meno Ústavu pamäti národa a jeho predsedu, verejne spochybnil legitímne rozhodnutie štatutára," vyjadril sa pre Pravdu riaditeľ.
Lacko pre výpoveď podal sťažnosť na kontrolné orgány ÚPN a takisto parlamentnému výboru pre ľudské práva a menšiny, obrátiť sa chce aj na súd.
V ÚPN sa Lacko venoval najmä výskumu obdobia vojnovej Slovenskej republiky. S jeho výkladom dejín väčšina historikov nesúhlasila. Kritiku si vyslúžil aj za účasť na akciách extrémistického Slovenského hnutia obrody.
Keď sa v decembri minulého roka objavila na internete verejná predvolebná výzva na podporu strany Mariana Kotlebu, medzi jej signatármi sa objavil aj historik Martin Lacko. Vedenie ústavu takýto krok vtedy nepovažovalo za dehonestáciu štátnej inštitúcie, ktorá má chrániť pamäť národa. Vtedy šéf ústavu pre denník Pravda tvrdil, že zákon mu neumožňuje Lacka prepustiť, odvolával sa na slobodu slova a názoru.
Historik si vyslúžil pozornosť aj vlani. Na základe jeho knihy bol nakrútený kontroverzný 80-minútový dokument Povstanie, o ktorom informovala Pravda. Film, ktorý odvysielala verejnoprávna RTVS, kritizovali viacerí odborníci. Tvrdili, že dokument podľa jeho knihy je plný faktografických chýb a dezinterpretácií.
Aktivista Peter Weisenbacher z Inštitútu ľudských práv tvrdí, že je dobré, že taký človek už nepracuje v ÚPN. „Je to veľmi smutné, že toho pána neprepustili za tie veci, za ktoré ho mali prepustiť už dávno, ktoré ho diskvalifikujú z toho, aby v takej štátnej inštitúcii robil, ale pre nejaké osobné dôvody," pripomenul Weisenbacher. Ľudskoprávny aktivista poukázal, že v jeho prípade už mali dávno zakročiť aj orgány činné v trestnom konaní. „Koniec koncov sa snažil minimálne ospravedlňovať vojnové zločiny, vyjadroval sa mimoriadne nevhodným spôsobom o holokauste, čo je aj na Slovensku trestný čin popierania holokaustu. Myslím si, že tam stojí za zváženie aj nejaká trestnoprávna zodpovednosť," dodal Weisenbacher.