Prokuratúra žalovala Mikulčíka za porušenie povinností pri správe cudzieho majetku. Jeho podpis bol pod dodatkom číslo dva v zmluve so spoločnosťou IBM, ktorá bola dodávateľom nového systému pre výber daní. Dodatok zbavoval firmu zodpovednosti za fungovanie systému. V januári 2012 nové nastavenie daňovej správy skolabovalo a daniari sa museli vrátiť k starej verzii. Škoda dosiahla 6,2 milióna eur.
Predseda senátu v odôvodnení rozsudku tvrdil, že v prípade nebola dokázaná príčinná súvislosť medzi konaním obžalovaného a následkom v podobe nefunkčnosti systému. Dodal, že za daných okolností súd nemohol konať inak, ako Mikulčíka oslobodiť. Predseda senátu sa zároveň stotožnil s tvrdením obhajoby, že štát zastúpený ministerstvom financií si mal škodu vymáhať v občianskoprávnom konaní proti subdodávateľom, ktorí spúšťali chod systému.
Škandál prepukol začiatkom roka 2012. Nefunkčný systém spôsobil, že daňové úrady nevybavovali agendu, meškali s vratkami DPH, spomalili sa daňové kontroly, čím štát prichádzal o peniaze. Daňové priznania, ktoré ľudia či firmy podali, sa odkladali. Na základe zistení Najvyššieho kontrolného úradu daniari podali trestné oznámenie, keďže sa ukázalo, že programátori mali prístup priamo k údajom súkromných firiem.
Dodatky k zmluve s IBM podpisoval okrem Mikulčíka aj Ivan Mikloš, v tom čase minister financií vo vláde Ivety Radičovej. Bývalý Miklošov štátny tajomník Branislav Ďurajka v roku 2012 tvrdil, že spolu s neskôr odvolanou šéfkou úradu ministerstva upozornili ministra na sporný dodatok. Mikloš však podľa Ďurajku na ňom trval. Dodatok umožňoval aj výber subdodávateľov. Mikloš pred odchodom z funkcie kauzu zvalil práve na Ďurajku a Mikulčíka. Vyčítal im, že ho neinformovali. Ako napísala Pravda v roku 2013, polícia pri kauze preverovala viacero skutočností. Pochybnosti boli aj okolo toho, že subdodávateľom bola schránková spoločnosť CrossCliff Slovakia, ktorej majitelia sídlia v Londýne. Konateľom CrossCliff Slovakia bol človek, ktorý v minulosti podnikal práve s bývalým riaditeľom daňového úradu Mikulčíkom.