Z únosu bolo podozrivé aj vtedajšie vedenie Slovenskej informačnej služby na čele s Ivanom Lexom.
Na zrušenie amnestií, ktoré znemožnili polícii dokončiť vyšetrovanie únosu, je potrebná ústavná väčšina 90 poslancov zo 150-členného parlamentu. Poslancom KDH sa takýto návrh nepodarilo presadiť v parlamente už viackrát, a to ani v minulom volebnom období, keď bola strana vo vláde.
Dnes návrh štyroch nezávislých poslancov na čele s exministrom vnútra Vladimírom Palkom neprešiel ani prvým čítaním. Podporilo ho totiž len 55 z 134 prítomných poslancov.
Opoziční poslanci chceli dosiahnuť aj zrušenie časti amnestií, ktoré sa týkali takzvaného zmareného referenda z roku 1997.
Palko počas rozpravy nazval amnestie „cynickým výsmechom všetkých slušných ľudí.“ „Využitím prezidentského oprávnenia udeliť amnestiu došlo k potlačeniu princípov právneho štátu a k zneužitiu práva. Udelenie amnestie malo za následok nemožnosť trestného stíhania páchateľov dotknutých skutkov,“ argumentovali opoziční poslanci v predkladacej správe. Mečiar udelil amnestie v čase, keď mal dočasne aj prezidentské právomoci.
Európsky súd pre ľudské práva v Štrasburgu nedávno uznal, že slovenské úrady na Lexu nezákonne uvalili väzbu, keď ho stíhali za údajné zorganizovanie únosu Michala Kováča mladšieho.