Gašparovič novelu vetoval, pretože ju považuje za protiústavnú a nevykonateľnú. V spore o podobu zemepisných názvov v učebniciach pre národnostné menšiny sa tak postavil na stranu SNS, ktorá ho podporuje v prezidentských voľbách. Naopak, Smer, ktorý tiež podporuje jeho kandidatúru, pomohol opozičnej SMK prelomiť prezidentovo veto k novele. Za opätovné schválenie novely bolo 106 zo 138 prítomných poslancov. Proti hlasovalo 32 poslancov za SNS a HZDS. Na prelomenie veta bolo potrebných 76 hlasov.
Novela školského zákona od SMK sa stala priechodnou vďaka pozmeňujúcemu návrhu, ktorý predložil Pavol Paška (Smer). Podľa neho geografické názvy, ktoré sú vžité a zaužívané pre tú-ktorú národnostnú menšinu, sa budú písať v podobe, v akej boli v schválených učebniciach z rokov 2002–2006. Národniari kritizujú, že nikto nedokáže určiť, ktoré názvy sú vžité a ktoré nie. Prijatá novela bude účinná od 1. apríla. Minister školstva Ján Mikolaj deň po opätovnom schválení novely vyhlásil, že ju nebude rešpektovať, lebo SNS ju napadne na ústavnom súde. O deň neskôr svoje vyhlásenie zmenil a tvrdil, že novelu dodrží.
Spor okolo učebníc vyvolali nové vlastivedy a dejepisy pre školy s vyučovacím jazykom maďarským. Učebnice spôsobili aj napätie v slovensko-maďarských vzťahoch. Maďarská strana kritizovala, že Slovensko obmedzuje používanie maďarského jazyka, pretože zemepisné názvy uvádzajú v slovenčine, do maďarčiny sú preložené v prekladovom slovníku na konci knihy. Niektoré školy sa rozhodli učebnice vrátiť ministerstvu školstva.