Trojica firiem by mala podľa ministerstva podnikať v rámci holdingu Slovenské železnice, ktorého jediným akcionárom by bol štát. „Výhoda holdingovej štruktúry spočíva v možnosti ponechať majetok, ako aj riadenie, hospodárenie a kontrolu strategických podnikov plne v rukách štátu, pričom sa však vo veľkej miere zefektívnia vzťahy medzi jednotlivými železničnými spoločnosťami,“ píše sa v materiáli.
Pozitívom spojenia by údajne bolo aj zníženie nákladov jednotlivých spoločností, zlepšenie ich spolupráce a riadenia či zvýšenie konkurencieschopnosti. Ministerstvo pripomenulo, že železničné spoločnosti by mali aj po zlúčení do holdingu dodržiavať smernice a nariadenia EÚ, ktoré súvisia s liberalizáciou na trhu železničnej dopravy.
Na budúci rok by sa mala prijať potrebná legislatíva, vzniknúť má nová firma Slovenské železnice, s ktorou sa majú majetkovo a personálne prepojiť ZSSK a ZSSK Cargo. So správcom železničnej infraštruktúry sa majú zatiaľ Slovenské železnice prepojiť len personálne, majetkovo sa má do holdingu začleniť až v roku 2012. Podobný model organizácie železničnej dopravy je podľa ministerstva v Rakúsku, Nemecku či v Poľsku.
Slovenské železnice sa ešte v roku 2002 rozdelili na dve spoločnosti – ŽSR a ZSSK. V roku 2005 sa od osobnej prepravy v ZSSK oddelila nákladná doprava a vznikla spoločnosť ZSSK Cargo. Tú plánovala bývalá vláda Mikuláša Dzurindu predať, privatizáciu však súčasný kabinet zastavil. V minulosti sa uvažovalo aj o spojení slovenského a českého nákladného železničného prepravcu, proti projektu však bola najmenšia koaličná strana ĽS-HZDS.