Vojenská kontrarozviedka Blanárika za komunizmu evidovala ako dôverníka, čo nemuselo znamenať vedomú spoluprácu. Slovenské médiá však doteraz na základe skúmania spisov tajnej služby Blanárikovi pripisovali donášanie informácií na troch svojich kolegov v armáde. Zo spisu jedného z týchto vojakov vyplývalo, že Blanárik hlásil informácie aj o štyroch ďalších ľuďoch – dvoch emigrantoch, manželke jedného z nich a ďalšej žene.
V spise vojaka menom Ladislav B. sa píše, že Blanárik kontrarozviedku informoval o emigrácii dvoch bratov z vtedajšieho Československa na Západ a údajne pripojil aj informáciu, že sa za jedným z nich chystá do Spojených štátov vycestovať aj jeho manželka. O istej vojakovej známej zas pracovníkom kontrarozviedky podľa Sme súčasný šéf NBÚ uviedol, že sprostredkovala ubytovanie západným Nemcom. Ženu neskôr tajná služba vypočúvala, poznamenalo Sme.
Blanárika za údajnú spoluprácu s vojenskou kontrarozviedkou, ktorá bola súčasťou ŠtB, kritizovala aj opozícia a žiadala jeho zosadenie. Premiér Robert Fico s tým však nesúhlasil a tvrdil, že spisy komunistickej tajnej služby nie sú dôveryhodné. Blanárika do funkcie nominovala najmenšia koaličná strana ĽS-HZDS.
NBÚ okrem iného rozhoduje o bezpečnostných previerkach, ktoré umožňujú oboznamovať sa s utajovanými informáciami. Vedomá spolupráca so Štátnou bezpečnosťou by bola prekážkou pre získanie previerky, Blanárik ju však dostal.