Tí hovoria, že Vatikán by mal najskôr reagovať na pretrvávajúce znepokojenie nad niektorými problémami jeho pontifikátu. Poľský pápež, ktorý zomrel v roku 2005, bude blahorečený 1. mája. Rekordne krátky proces jeho beatifikácie vyvolal zákonite otázky, či Vatikán nepodľahol volaniu „Santo subito!“ (Kanonizácia hneď!), ktoré sa ozvalo už počas jeho pohrebu.
Niektorí poukazujú na škandál okolo sexuálnych trestných činov kňazov a na ich zakrývanie počas trvania jeho 27-ročného pontifikátu, škandál, ktorý otriasol cirkvou a spôsobil nenapraviteľné škody, najmä v Írsku. Niektorí konzervatívci a tradicionalisti obviňujú Jána Pavla#II., že nezabránil úpadku katolicizmu na Západe, že povolil a v niektorých prípadoch podporoval niektoré liturgické prešľapy, ktoré podľa nich prispeli k tomu, že sa viera na Západe oslabila. Poukazujú na tance počas pápežských omší, na modlitby zástupcov rôznych cirkví v Assisi, ktoré pápež organizoval a iné liturgické trendy inšpirované 2.#vatikánskym snemom.
Za možno jeho najväčšie zlyhanie pozorovatelia diania vo Vatikáne – kňazi aj laici – pokladajú škandál okolo Legionárov Kristových. Pápež tento konzervatívny náboženský rád podporoval ako model ortodoxie. On a jeho poradcovia roky aktívne alebo pasívne ignorovali poukazovanie na to, že jeho zakladateľ je pedofil, ktorý vytvoril pokrútené, kultu blízke hnutie, ktoré bolo také tajnostkárske a utlačovateľské, že celé desaťročia jeho zločiny zostali neodhalené.
Benedikt#XVI. strávil väčšinu z prvých šiestich rokov svojho pontifikátu pokusmi napraviť škody, ktoré tieto zlyhania spôsobili. Niektorí preto naznačovali, že by bolo možno bývalo múdrejšie ešte počkať s vyhlásením, že Ján Pavol#II. prežil život „hrdinskej“ kresťanskej cnosti, čo je hlavným predpokladom blahorečenia.
Cirkevný historik Michael Walsh nedávno poznamenal, že väčšina ľudí, ktorí sa angažovali v procese blahorečenia, vrátane Benedikta#XVI., vďačí nejakým spôsobom za svoje postavenie zosnulému pápežovi. Preto sa nedá očakávať, že budú nestranní.
Bol to pápež Benedikt, ktorý obišiel päťročnú čakaciu lehotu a povolil začatie beatifikačného procesu už niekoľko týždňov po smrti svojho predchodcu. A bol to on, ktorý podpísal dekrét osvedčujúci hrdinské cnosti Jána Pavla#II., a tým potvrdil, že jeho zásahom sa stal zázrak.
Kardinál Angelo Amato z vatikánskej kongregácie pre otázky svätorečenia nedávno povedal, že proces beatifikácie Jána Pavla#II. bol rovnako dôkladný ako ktorýkoľvek iný. Na otázku, či škandál okolo sexuálneho zneužívania kňazmi poznamenal pápežov odkaz a beatifikačný proces, odpovedal: „Hriech existuje. Naše hriechy existujú. Ale to nebráni svätosti iných.“
Dlhoročný hovorca Jána Pavla#II Joaquín Navarro-Valls povedal, že blahorečenie nie je ani tak vynesenie historického súdu nad tým, ako tento pápež spravoval cirkev, ale ohodnotenie, či žil svätý život v kresťanskej cnosti. A v tomto ohľade o tom niet pochýb.
Iní hovoria, že človeka nemožno oddeliť od mandátu. Skúmanie osobných cností Jána Pavla#II. musí zahŕňať tiež úprimné zhodnotenie jeho pontifikátu. Jeho životopisec George Weigel povedal, že Vatikán by dobre urobil, keby uverejnil, ako pri skúmaní pre blahorečenie vyriešil otázky okolo Legionárov Kristových. Ich zakladateľa Marciala Maciela Vatikán potrestal až rok po nástupe Benedikta#XVI. Bolo to desať rokov po tom, čo sa objavili prvé obvinenia, že zneužíval seminaristov.
Beatifikačná zložka je tajná a nie sú žiadne náznaky, že Vatikán ju sprístupní na verejné preskúmanie.