Tieto nominácie sa týkajú takzvaných stálych výborov, ktoré pracujú celý rok, ako napríklad školský, sociálny či finančný výbor. Ak strana alebo koalícia nemá vo výbore väčšinu, nemá šancu iniciovať poslanecký prieskum alebo vnášať do zákonov vlastné zmeny.
Politológ Juraj Marušiak si myslí, že koalícia mala ukázať viac veľkorysosti. „Pri takom tesnom pomere hlasov mohla mať v niektorých výboroch väčšinu opozícia. Neovplyvnilo by to funkčnosť parlamentu. Vo vyspelejších demokraciách opozícia dokonca obsadzuje post predsedu parlamentu, no u nás na to politici ešte nedozreli,“ dodal Marušiak. Podľa neho koalícia nepriniesla sľubovaný vyšší politický štandard. „Uvidíme, ako bude fungovať, aké bude prijímať zákony, no zatiaľ sa to nezdá.“
Z troch podpredsedov parlamentu Milan Hort (SDKÚ) sa stal členom výboru pre verejnú správu a regionálny rozvoj, Béla Bugár (Most – Híd) bude sedieť vo výbore pre sociálne veci, Pavol Hrušovský (KDH) bude v zahraničnom výbore. Poslankyňa za SDKÚ Magda Vášáryová bude podpredsedníčkou výboru pre kultúru a médiá a zároveň členkou zahraničného výboru, poslankyňa Jana Žitňanská (KDH) bude podpredsedníčkou školského výboru a členkou výboru pre ľudské práva.
Magda Vášáryová tento postup obhajuje slovami, že koalícia si musela zabezpečiť väčšinu vo výboroch. „Aj Smer s partnermi v minulom období ovládali výbory. Súčasné zostavenie výborov je také, že koalícia má väčšinu o jeden hlas, takto to funguje všade,“ povedala. Poslanec za Smer Miroslav Číž však tvrdí, že tradícia je iná. Podľa neho doteraz platilo, že jeden poslanec mal jedno miesto a podpredsedovia parlamentu do výborov nominovaní neboli. Bývalá koalícia na rozdiel od súčasnej mala na ovládnutie výborov dostatok poslancov.
Obsadzovanie dvoch výborov tým istým poslancom bolo zvykom počas bývalých dvoch Dzurindových vlád. Pavol Hrušovský v tom nič zlé alebo nekultúrne nevidí. Sám si vybral zahraničný výbor, lebo sa tejto oblasti venoval posledné štyri roky. „Národná rada si riadne zvolila všetky svoje výbory, koalícia získala vo voľbách väčšinu, čiže je prirodzené, že má väčšinu aj vo výboroch. Na rozdiel od minulej vlády my sme sa zachovali voči opozícii demokraticky a veľmi korektne pri predsedoch výborov,“ dodal Hrušovský. Opozícia vedie väčšinu výborov, ktoré zasadajú len raz za čas, pri konkrétnej príležitosti. Miesta predsedov získala vo výboroch na kontrolu činnosti NBÚ, vojenského spravodajstva, SIS a výboru pre nezlučiteľnosť funkcií. Zo stálych výborov bude šéfovať školskému, kultúrnemu výboru, ďalej výboru pre ľudské práva a pre verejnú správu.
Strana Smer sa kvôli obsadzovaniu výborov obráti na Ústavný súd. Podľa Číža koalícia totiž cez výbory zmenila pomery v Národnej rade a umelo získala parlamentnú väčšinu. Ústavný právnik Peter Kresák tvrdí, že Smer má právo sťažovať sa na Ústavnom súde alebo ho požiadať o výklad. „Neviem si však predstaviť o čo chce strana svoju sťažnosť oprieť,“ dodal Kresák.