Bezák patril k najobľúbenejším kňazom na Slovensku. Aj keď sa na jeho podporu konalo niekoľko protestov a výzvu, aby cirkev vysvetlila dôvody jeho odvolania, podpísalo vyše 11 600 ľudí, pozadie celého prípadu zostáva dodnes nejasné.
Keďže o skutočných dôvodoch cirkev mlčí, nahradili ich rôzne špekulácie či konšpiračné teórie. Neprospeli tomu ani protirečenia cirkevných predstaviteľov. Na začiatku totiž Bezákovo odvolanie zdôvodňovali tým, že vyplynulo z výsledkov apoštolskej vizitácie, teda kontroly trnavskej arcidiecézy v januári tohto roka. V októbri však už Benedikt XVI. v liste slovenským biskupom vizitáciu ako dôvod nespomína. Namiesto toho hovorí o potrebe obnoviť „kolegialitu a usporiadané pastoračné riadenie“.
Ako možné dôvody Bezákovho odvolania sa spomínajú napríklad finančné machinácie, ktoré vraj v arcidiecéze odhalil po svojom predchodcovi Jánovi Sokolovi, Bezákovo neformálne vystupovanie na verejnosti, jeho liberálne názory, problémy s dodržiavaním cirkevnej hierarchie, no aj obvinenia, že počas vedenia úradu narobil arcidiecéze dlhy za takmer 600-tisíc eur. Podľa iných zdrojov siaha kauza až k najvyšším miestam v cirkvi a súvisí s odhalenou aférou uniknutých dokumentov, známou ako VatiLeaks.
O výnimočných dňoch na Slovensku a vo svete v ekonomike, kultúre a športe čítajte v Ročenke Pravdy 2012
To, že bývalý arcibiskup vedeniu cirkvi prekážal, potvrdzujú i otázky Vatikánu, ktoré prenikli na verejnosť. Bezáka sa pýtali napríklad na jeho spoluprácu s homosexuálnymi kňazmi, vyčítali mu, že nosí rifle a údajne ,,navštevuje telocvične, sauny, kúpaliská a verejné sprchy s osobami pochybnej povesti". Vatikán sa zaujímal i o jeho názory na celibát, eutanáziu, interrupciu či predmanželské vzťahy. Aj keď Bezák obvinenia poprel, nepomohlo mu to. Po odvolaní sa ho nezastala ani Konferencia biskupov Slovenska.
O rozruch sa postaral i samotný Bezák, keď v polovici decembra prostredníctvom viacerých médií skritizoval pomery v katolíckej cirkvi, najmä činnosť svojho predchodcu Sokola a postoj predsedu Konferencie biskupov Slovenska Stanislava Zvolenského. Urobil to napriek tomu, že mu Vatikán nariadil, aby sa pre médiá nevyjadroval. Po jeho kritike ho slovenskí biskupi vyzvali, aby rozhodnutie o svojom zosadení prijal a ospravedlnil sa pápežovi.