Rektori dokonca požiadali ministra, aby kritériá vrátil komisii na prepracovanie. Sú podľa nich retroaktívne, či v rozpore s vysokoškolským zákonom alebo zákonníkom práce. Označili ich za nevyvážené, nejednoznačné, komplikované, na viacerých miestach nepresné, respektíve nedopracované. Myslia si, že je chybou, ak sú kritériá komplexnej akreditácie nastavené iba na vedeckú produktivitu. „Komplexná akreditácia vôbec nereflektuje vzdelávanie a zabezpečenie, respektíve zlepšovanie kvality,“ povedal šéf rektorskej konferencie Libor Vozár.
Minister Čaplovič sa nestotožňuje s dôvodom o údajnej retroaktivite a nevidí v návrhoch ani rozpor so zákonmi. „Retroaktivitu skloňujú tí, čo sa boja akejkoľvek akreditácie a chcú zahrať prísne, ale spravodlivé kritériá do postavenia mimo hry,“ zareagoval. Podľa jeho hovorcu časť výhrad rektorov akceptujú.
Okrem SRK sa ku kritériám vyjadrila aj Študentská rada vysokých škôl a Rada vysokých škôl. O ich pripomienkach sa diskutovalo a boli zapracované. Prísnejšie kritériá hodnotenia vysokých škôl vítajú. „Študentská rada vysokých škôl vytvára tlak na zvyšovanie kvality a dožaduje sa kritérií primeraných udržateľnému zvyšovaniu kvality vysokoškolského vzdelávania,“ doplnila predsedníčka študentskej rady Katarína Stoláriková. Aj podľa šéfa Rady vysokých škôl Viktora Smieška je sprísnenie kritérií na hodnotenie vysokých škôl jedinou cestou ako identifikovať kvalitu vo vysokom školstve na Slovensku.
Nové kritériá, podľa ktorých sa má na budúci rok robiť komplexná akreditácia všetkých vysokých škôl, by mali klásť väčší dôraz na vedecké výstupy škôl. Podľa predsedu komisie Ľubora Fišeru sa predtým hodnotil počet študentov na učiteľa, alebo množstvo financií na jedného pracovníka, čo sa už hodnotiť nebude. Dôraz sa má klásť na publikácie, či doktorandské štúdium. Pri hodnotení škôl sa bude klásť hlavný dôraz na vyučujúcich v jednotlivých študijných programoch, ktoré budú potrebovať viac docentov a profesorov.
Komplexná akreditácia vysokých škôl sa spustí rok po tom, čo minister kritériá podpíše, keďže školy majú právo poznať podmienky akreditácie rok vopred.