Z Babišovho zväzku vyplýva, že bol od roku 1980 údajne dôverníkom tajnej polície a v novembri 1982 sa stal jej agentom. Babiš v 80. rokoch pracoval v podniku zahraničného obchodu Petrimex a v roku 1985 s ním ŠtB údajne prerušila spoluprácu, pretože odišiel na dlhodobý služobný pobyt do Maroka.
Babiš vo štvrtok na súde vyhlásil, že za komunizmu ako pracovník zahraničného obchodu prišiel do kontaktu s ŠtB, ale že s ňou nespolupracoval. ŠtB sa podľa neho zaujímala o dovoz nekvalitných fosfátov zo Sýrie.
„Ja som žiadnu spoluprácu s nikým nepodpísal,“ uviedol vlastník holdingu Agrofert, podľa jeho slov bol v zahraničí práve v čase, keď údajne súhlasil so spoluprácou s komunistickou tajnou políciou. Spochybnil tiež pravdivosť informácií z archívneho zväzku, že mu ŠtB platila občerstvenia. Uviedol, že v spomínanom období bol na služobnej ceste v cudzine.
Babiš sa pred súdom sťažoval, že informácie o údajnej spolupráci s ŠtB zasahuje do jeho súkromia. „Mám s tým zásadný problém. Bol som na prvých stránkach slovenských médií,“ poznamenal. Neskôr dodal, že sa stal obeťou ŠtB. Podnikateľ stojí v čele politického hnutia ANO, ktoré sa v Česku pripravuje na parlamentné voľby v budúcom roku.
Babiš zažaloval Ústav pamäti národa (ÚPN), ktorý archívne zväzky ŠtB spravuje. Jeho zástupca pred súdom vyhlásil, že so žalobou nesúhlasí. Uviedol, že ústav nie je nástupcom ŠtB a že ani nezodpovedá za pravdivosť informácií v archívnych zväzkoch. K žalobe sa však bližšie nevyjadril s odôvodnením, že ÚPN ho prípadom poveril ešte iba v stredu. Obe strany sporu navrhli súdu vypočuť viacerých svedkov. Vypovedať majú napríklad niekdajší Babišovi spolupracovníci z Petrimexu.
Kým Andrej Babiš sa obhajoval s pomocou dvoch advokátov, ÚPN zastupoval iba vedúci kancelárie ústavu, ktorý nie je právnikom. Podnikateľova žaloba nie je prvou, ktorej v ÚPN čelia. Kvôli evidencii vo zväzkoch ŠtB sa na súdy v minulosti obrátilo niekoľko desiatok osôb. Viac ako desiatka žalujúcich uspela s návrhom na vydanie rozsudku, podľa ktorého boli vo zväzkoch ako spolupracovníci ŠtB evidovaní neoprávnene. V niekoľkých prípadoch súdy tiež prikázali ÚPN, aby k archívnym zväzkom pripojil informácie o výsledku súdneho sporu.