Okrem toho plánuje na Generálnej prokuratúre nahradiť ľudí v dôchodkovom veku mladými prokurátormi z krajov. Konkrétne mená a funkcie zatiaľ Čižnár nepovedal. Personálne zmeny predstaví až po tom, čo ho do funkcie vymenuje prezident.
Podľa informácií denníka Pravda nový generálny prokurátor by mal vymeniť námestníkov Dobroslava Trnku a Ladislava Tichého. Namiesto nich by mal údajne dosadiť Reného Vaneka. V tíme počíta aj s Jozefom Čentéšom, ktorého do funkcie generálneho prokurátora odmietol vymenovať prezident.
René Vanek je v súčasnosti námestníkom pre netrestný odbor na bratislavskej krajskej prokuratúre, ktorej šéfuje Čižnár a patrí medzi jeho blízkych spolupracovníkov. Či sa stane námestníkom a vymení tak vo funkcii Tichého, nechcel komentovať Vanek ani Čižnár. Na Generálnej prokuratúre by Vanek mohol viesť netrestný odbor. Námestníkom zostane však naďalej šéf Úradu špeciálnej prokuratúry Dušan Kovačik, ktorému toto postavenie vyplýva zo zákona. Nového šéfa dostane aj trestný odbor, ktorý teraz riadi Dobroslav Trnka. Čižnár počíta v tíme aj s Jozefom Čentéšom. Na akom poste, to nepovedal.
Skončiť na prokuratúre by podľa zatiaľ nepotvrdených informácií Pravdy mali služobne starší prokurátori v dôchodkovom veku – medzi nimi je aj námestník generálneho prokurátora 67-ročný Ctibor Košťál. Ten má od terajšieho vedenia súhlas na predĺženie práce, hoci k platu poberá aj dôchodok, do konca tohto roka. Námestník pre trestný odbor Dobroslav Trnka hovorí, že ak mu Čižnár súhlas s prácou nepredĺži, nebude mať problém odísť.
Niektorí prokurátori, ktorí si neželali uviesť meno, pripustili, že v inštitúcii vládne panika, najmä u prokurátorov vo funkciách. Trnka, naopak, hovorí, že počítajú s tým, že Čižnár si privedie vlastný tím. „Aj ja som to tak po mojom menovaní spravil. To je v poriadku,“ reagoval Trnka pre Pravdu. Dodal, že on, Košťál, Tichý aj ďalší prokurátori počkajú, aké predstavy bude mať nový šéf. Sú pripravení, že ich budú plniť s ním alebo odídu. „Nikto mu tu nebude robiť prekážky. My vojenskí prokurátori sme zvyknutí, odídeme, ak nás nebude nový generálny prokurátor potrebovať, so cťou,“ vyhlásil Trnka, ktorý šéfoval prokuratúre sedem rokov do februára 2011.
Trnka si vtedy zobral po nástupe do funkcie so sebou viacerých vojenských prokurátorov, medzi nimi aj Košťála. Vojenskú prokuratúru v roku 2009 spolu s vojenskými súdmi zrušila prvá vláda Roberta Fica. Trnka neprezradil, či by si po prípadnom odchode z Generálnej prokuratúry otvoril advokátsku prax alebo by prešiel na funkciu sudcu. To nevylúčil po skončení vo vedení Generálnej prokuratúry súčasný prvý námestník generálneho prokurátora Ladislav Tichý.
Čižnár chce tím na Generálnej prokuratúre omladiť. Noví prokurátori by mali vzísť z výberových konaní. Na Generálnej prokuratúre je v súčasnosti na stáži 18 mladých prokurátorov z okresných a krajských prokuratúr.