Na otázku, či to bol Pribinov kostol postavený ešte pred misiou solúnskych bratov, dávajú odborníci zatiaľ veľmi opatrné odpovede.
Podľa riaditeľa Archeologického ústavu SAV Mateja Ruttkaya nejde o žiadnu fantáziu a na Martinskom vrchu v Nitre sa naozaj ukrýva jeden z najstarších kostolov na území Slovenska. Stále je však potrebné spresniť datovanie. Ak by sa nálezisko dalo zaradiť do prvej polovice 9. storočia, teoreticky by mohlo ísť o prvý známy chrám západných a východných Slovanov. „Spomína sa v spise O obrátení Bavorov a Korutáncov na vieru,“ uviedol pri nedávnych vykopávkach Ruttkay. Takzvaný Pribinov kostol bol podľa historických prameňov postavený medzi rokmi 828 až 830 a dal ho zbudovať Pribina pre svoju bavorskú manželku. Vysvätil ho salzburský arcibiskup Adalram. Archeológovia však zatiaľ nechcú spájať tento svätostánok s kostolom nájdeným na Martinskom vrchu.
V 9. storočí sa bavorskí duchovní predstavitelia snažili posilniť svoj vplyv na území, ktoré obývali Slovania. Pôsobenie kresťanských misií z Nemecka spomína aj Rastislav v liste byzantskému cisárovi Michalovi III. a práve Konštantínovi a Metodovi sa podarilo neskôr dosiahnuť, že Panónia a Veľká Morava sa vymanili spod bavorského vplyvu a vytvorili samostatnú cirkevnú provinciu.
Prvé vykopávky sa v lokalite robili už v 60. rokoch 20. storočia. Zvyšky kostolíka na Martinskom vrchu v Nitre však zostali pred zrakom verejnosti ukryté asi 50 rokov. Nečudo, veď nálezisko je v srdci starých kasární obohnaných vysokým múrom a ostnatým drôtom. Veci sa pohli v roku 2008, keď ministerstvo obrany previedlo pozemky a budovy rôznym subjektom. Časť sa vrátila nitrianskemu biskupstvu, časť mestu Nitra a niekoľko budov získal aj Archeologický ústav.
Na rovnakom mieste sa našli aj zvyšky mladšieho románskeho kostola. Model oboch kostolov, veľkomoravského aj románskeho, by chceli archeológovia v budúcnosti postaviť v rámci archeoskanzenu v areáli bývalých kasární. V jednej z budov už zriadili depozitár, kam plánujú previezť cenné nálezy z celého Slovenska.
Po takzvanom Pribinovom kostolíku pátrali odborníci aj na Nitrianskom hrade, priamo pod podlahou Katedrály sv. Emeráma. Bolo to však problematické, pretože osídlenie na hrade trvá nepretržite až dodnes a za tisícročie sa tu uskutočnilo množstvo prestavieb. V románskom období sa priestor navyše prehĺbil, čo znehodnotilo staršie stavby. Archeológovia tak majú stále len nepriame dôkazy a náznaky, že tam začiatkom 9. storočia stála cirkevná a svetská stavba.
O titul najstaršej stojacej rotundy z čias Veľkej Moravy súperí Rotunda sv. Juraja v Nitrianskej Blatnici. Reštaurátorský tím pod vedením Jozefa Doricu tu nedávno objavil veľmi staré okno, ktoré sa mohlo zachovať ešte z čias Veľkej Moravy. Takáto stará rotunda, ktorej múry siahajú takmer do šiestich metrov, sa nezachovala nikde na Slovensku ani v okolitých krajinách. Presné datovanie stanovia až analýzy.