Rudolf Filkus v rokoch 1953–1972 pôsobil ako vedecký pracovník Ekonomického ústavu SAV v Bratislave, v rokoch 1972–1984 ako vedecký pracovník Ekonomického národohospodárského ústavu SAV. Jeho odborná aj politická kariéra vyvrcholila v 90. rokoch. V roku 1990 bol vedúcim pracovníkom Ekonomického ústavu SAV, v období rokov 1991–1992 potom pracoval v Ústave ekonomickej teorie SAV.
V januári 1990 nastúpil ako poslanec za hnutie Verejnosť proti násiliu (VPN) v rámci procesu kooptácie do Federálneho shromaždenia po zamatovej revolúcie do Snemovne ľudu. Zotrval tam len do slobodných volieb roku 1990. V roku 1991 patril medzi zakladajúcich členov HZDS, ktoré vzniklo rozštiepením VPN po tom, čo bol na jar 1991 Vladimír Mečiar odvolaný z postu slovenského premiéra. Filkus v reakcii na odvolanie Mečiara odstúpil z funkcie ministra plánovania SR, ktorú zastával v prvej vláde Vladimíra Mečiara. Od roku 1991 bol profesorom Vysokej školy ekonomickej v Bratislave. Na sneme HZDS v Banskej Bystrici v júni 1991 bol Filkus zvolený za predsedu Rady HZDS, v ktorej čele bol do roku 1993.
Do federálneho parlamentu sa znovu vrátil až po voľbách v roku 1992, keď (vtedy už ako poslanec HZDS) pôsobil v Snemovni ľudu, aby tam zotrval až do zániku Československa v decembri 1992. V tom čase pôsobil v poslednej federálnej vláde (vláda Jana Stráského) ako prvý podpredseda vlády.
Po vzniku samostatného Slovenska bol v roku 1993 ho menovali za veľvyslanca Slovenska v Rakúsku. V tom roku odišiel z HZDS a v rokoch 1993–1994 bol členom a podpredsedom odštiepeneckej formácie Aliancia demokratov Slovenska a následne významným predstaviteľom z nej vzniknutej Demokratickej unie Slovenska (DUS). Za ňu bol v období marca až decembra 1994 ministrom financií Slovenska vo vláde Jozefa Moravčíka. V rokoch 1994–1998 bol poslancom Národnej rady Slovenskej republiky za Demokratickú úniu Slovenska.