Prezident je však podľa ústavy súčasťou výkonnej moci, ktorá je od súdnej moci oddelená. Zámer nového prezidenta o spolupráci sa tak vymyká z rámca štandardných ústavných vzťahov.
„O tom, s kým bude ako prezident ďalších päť rokov pracovať, či z pohľadu Ústavného súdu, či z pohľadu predsedu Najvyššieho súdu, o tom by mal rozhodovať prezident, ktorý s ním bude spolupracovať," povedal zvolený prezident Andrej Kiska TV Markíza.
Podľa ústavného právnika Eduarda Bárányho, ktorý je aj poradcom premiéra Roberta Fica, vyjadrenie novej hlavy štátu je nepochopením vzťahov ústavných inštitúcií. „Úlohou predsedu Najvyššieho súdu a dvojnásobne Ústavného súdu nie je byť vhodným spolupracovníkom ani prezidenta, ani predsedu vlády, ani predsedu parlamentu. Prezident si má plniť svoje ústavné úlohy,“ povedal Bárány. Podľa neho to, s kým bude chcieť hlava štátu spolupracovať, je vecou výberu spolupracovníkov do prezidentskej kancelárie, a tým sa to aj končí. Ústavný právnik Ivan Šimko (KDH) rovnako pripomenul, že ústava nehovorí nič o spolupráci prezidenta a predsedu Najvyššieho súdu. „Každá funkcia má svoju ústavnú pôsobnosť,“ dodal Šimko.
Odhliadnuc od tohto sporného výroku Kisku, však úradujúceho aj nového prezidenta zrejme čaká spor o tom, kto z nich by mal rozhodnúť o budúcom šéfovi Najvyššieho súdu. Súčasnému predsedovi Štefanovi Harabinovi uplynie funkčné obdobie 22. júna. Ivan Gašparovič končí v úrade 15. júna, kedy sa ujme funkcie Andrej Kiska.
Voľba šéfa najvyššej súdnej inštancie je vypísaná na 19. mája. Kandidáta bude voliť Súdna rada, ktorá ho potom navrhne na vymenovanie prezidentovi. Ivan Gašparovič by tak mohol predsedu Najvyššieho súdu vymenovať ešte pred odchodom z Prezidentského paláca. Gašparovič už naznačil, že by v tejto veci rozhodol. „Právomoci prezidenta republiky Ivana Gašparoviča oprávňujú do 15. júna 2014 naplno uplatňovať svoj mandát. V prípade, ak Súdna rada prezidentovi návrh na vymenovanie nového predsedu predloží, určite sa ním bude zaoberať,“ informoval hovorca úradujúcej hlavy štátu Marek Trubač.
Ústavný právnik Ivan Šimko z KDH si myslí, že by o vymenovaní šéfa Najvyššieho súdu nemal rozhodovať prezident Gašparovič, pretože Harabinovi uplynie funkčné obdobie 22. júna, teda v čase, keď už bude v úrade nový prezident Kiska. Podľa Šimka takýto postup vyplýva aj z demokratickej kultúry. Šimko usúdil, že ak by predsa len právomoc vymenovať šéfa Najvyššieho súdu uplatnil Gašparovič, tak môže tento problém skončiť na Ústavnom súde. Nazdáva sa však, že by sa dalo tomu predísť, ak budú obidvaja prezidenti dosluhujúci i nastupujúci spolu komunikovať a dohodnú sa.
Ústavný právnik Bárány nevidí žiadnu prekážku, aby šéfa Najvyššieho súdu, ak bude zvolený včas, vymenoval ešte súčasný prezident. „Bez problémov. Samozrejme, nemôže to robiť napríklad päť rokov dopredu, ale v súčasnom časovom horizonte problém nevidím,“ uviedol Bárány. Či môže vec skončiť na Ústavnom súde, nechcel komentovať. „Ťažko si viem v tejto chvíli predstaviť, ktorým typom podania by sa obrátil na Ústavný súd. Ale to je už problém budúceho pána prezidenta a jeho právnych poradcov,“ dodal Bárány.
V prezidentskej kampani sa ku kandidatúre a vymenovaniu Harabina vyjadrovali obidvaja súperi Fico i Kiska. Premiér Fico povedal, že je objektívny fakt, že Harabin rozdeľuje súdnictvo, a preto, ak by sa ho Harabin opýtal, tak by mu kandidatúru neodporúčal. Kiska vyhlásil, že by urobil všetky formálne a neformálne kroky k tomu, aby Harabin nebol vymenovaný.