Prezidentom sa Gašparovič po prvý raz stal v roku 2004. V druhom kole volieb 17. apríla 2004 získal Ivan Gašparovič 59,91 percenta hlasov voličov a jeho protikandidát Vladimír Mečiar podporu 40,09 percenta. Po druhý raz zvíťazil v prezidentských voľbách v roku 2009. S podporou 55,53 percenta zo všetkých platných hlasov zvíťazil v druhom kole prezidentských volieb nad protikandidátkou Ivetou Radičovou. Gašparovič je prvým prezidentom SR, ktorý vykonáva funkciu dve päťročné funkčné obdobia za sebou.
Za desať rokov vo funkcii vymenoval stovky profesorov a sudcov či desiatky rektorov a generálov. Boli však aj takí, ktorí narazili na Gašparovičov odpor a v Prezidentskom paláci na slávnostnom akte vymenovania nikdy neboli. Od roku 2004 Gašparovič vymenoval takmer tisíc vysokoškolských profesorov, na slovenských súdoch pribudlo viac než 400 sudcov bez časového obmedzenia a vymenoval či povýšil takmer 60 generálov.
Kritiku zo strany niektorých politológov aj časti verejnosti a politického spektra si však vyslúžil za rozhodnutie nevymenovať Jozefa Čentéša za generálneho prokurátora, hoci ho v júni 2011 zvolil parlament.
Ako dôvody nevymenovania uviedol podozrenia z korupcie pri jeho voľbe či fakt, že Čentéš bol zvolený na základe zákona, ktorého účinnosť pozastavil ústavný súd. V roku 2006 sa hlava štátu rozhodla nevymenovať štátneho tajomníka ministerstva financií Vladimíra Tvarošku za viceguvernéra Národnej banky Slovenska. Tvaroška totiž podľa Gašparoviča nemal potrebnú päťročnú prax v riadiacej, vedeckej alebo pedagogickej funkcii v menovej oblasti alebo finančníctve.
Výhrady mal Gašparovič aj voči kandidátke ministra vnútra na post rektorky Akadémie policajného zboru Lucii Kurilovskej. Ešte vlani mu prekážalo, že to nedotiahla ďalej ako na odbornú asistentku. Kurilovská sa medzitým habilitovala, ministerstvo vnútra však prezidentovi návrh na vymenovanie neposlalo a tak ju pravdepodobne vymenuje až nový prezident Andrej Kiska. Kurilovská v minulosti kritizovala prezidenta za jeho rozhodnutie nevymenovať Jozefa Čentéša.
Gašparovič niekoľkokrát využil svoju ústavnú právomoc udeliť individuálnu milosť či amnestiu. Od roku 2004 udelil 28 milostí a podpísal sa pod dve amnestie. Prvú udelil pri príležitosti prvého zvolenia do úradu prezidenta 18. júna 2004, druhú pri príležitosti 20. výročia vzniku Slovenskej republiky 1. januára 2013.