Výhrady voči stratégii má okrem ombudsmanky aj viacero mimovládnych organizácií, ktoré ich naformulovali vo svojich pripomienkach. Ministerstvo zahraničných vecí, ktoré je gestorom jej vypracovania, ju do pripomienkovania predložilo v piatok 6. júna. Pripomienkovanie stratégie sa skončilo vo štvrtok 19. júna. Dokument podľa Dubovcovej zatiaľ neobsahuje strategický cieľ, ktorý mieni Slovensko dosiahnuť v ochrane práv a slobôd ľudí, ktorí nežijú v manželstve.
Verejná ochrankyňa práv v zásadnej pripomienke navrhla, aby bol dokument doplnený aj o tento strategický cieľ. „Navrhujem doplniť tento cieľ vo vzťahu k ochrane základných práv a slobôd ľudí, vrátane detí, ktorí nežijú v manželstve ako jedinečnom zväzku medzi mužom a ženou,“ uviedla. Ako odôvodnenie tejto pripomienky kancelária uvádza fakt, že ide o dlhodobý strategický materiál, ktorý by mal reflektovať poslednú zmenu Ústavy SR z tohto roku.
Do medzirezortného pripomienkovania sa kancelária Dubovcovej zapojila aj ďalšími dvoma zásadnými pripomienkami k častiam, ktoré sa týkajú legislatívneho a inštitucionálneho rámca ochrany základných práv. „Zároveň sme podporili aj pripomienky mimovládnych organizácií,“ poznamenal Ján Glovičko.
Legislatívny rámec nie je podľa ombudsmanky uvedený správne, úplne a najmä nie je uvedený podľa právnej sily a záväznosti právnych úprav. Dubovcová preto navrhuje vypustiť v tejto časti napríklad zmienku o akčnom pláne, pretože akčný plán nie je súčasťou legislatívneho rámca a nie je ani súčasťou legislatívy, nepatrí ani medzi legislatívne nástroje. Tiež navrhuje vypustiť zmienku o verejnom ochrancovi práv, pretože ten je nezávislý ústavný orgán, ktorý netvorí súčasť legislatívneho ale inštitucionálneho rámca. Rovnako to je aj v prípade Slovenského národného strediska pre ľudské práva, ktoré je verejnou inštitúciou.
Inštitucionálny rámec ochrany základných práv a slobôd by mal podľa nej obsahovať informáciu o inštitúciách, ktoré zabezpečujú ochranu základných práv a slobôd na Slovensku v čase vypracovania stratégie. Tento rámec vyplýva z Ústavy SR a zákonov. „Obsah bodu 2.2 podľa môjho názoru nekorešponduje s platným právnym stavom existujúcich inštitúcií ochrany ľudských práv a slobôd a okrem toho sa v tejto stati ako inštitúcie uvádzajú legislatívne nástroje,“ vysvetlila ombudsmanka. Preto navrhla napríklad vypustiť zmienku o legislatívnom zámere rekodifikácie občianskeho práva, pretože legislatívny zámer netvorí inštitucionálny rámec ochrany základných práv a slobôd v SR. Takisto Dubovcová navrhuje vypustiť zmienku o interaktívnom dialógu s Výborom OSN pre hospodárske, sociálne a kultúrne práva, pretože Výbor OSN netvorí inštitucionálny rámec ochrany základných práv a slobôd u nás.
Celoštátna stratégia ochrany a podpory ľudských práv na Slovensku je podľa gestora jej vypracovania Miroslava Lajčáka dokument, ktorý by mal reflektovať potreby zraniteľných skupín a situáciu v ochrane ľudských práv na Slovensku. Došlo v nej k širokému zmapovaniu dodržiavania a ochrany ľudských práv u nás, pričom zastrešuje celú túto problematiku do jedného uceleného dokumentu. "Je to rámcový a ideový dokument, ktorý bude zdrojom pre budúce kroky a opatrenia, pričom budeme hľadať takú formu, ktorá bude vládou prijatá a spoločnosťou akceptovaná,“ povedal Lajčák na schôdzi Výboru NR SR pre ľudské práva a národnostné menšiny. Stratégia je podľa neho orientovaná na tie skupiny, ktoré u nás nie sú doteraz zastúpené iným právnym aktom. "Chcem mať dokument, ktorý nerozdeľuje spoločnosť a chcem mať taký dokument, na ktorom budeme stavať. Toto je naša ambícia,“ povedal Lajčák.