Bruselský audit slovenského čerpania eurofondov ukázal pochybenia. Jedným z nich je napríklad nákup obrábacieho centra za 1,7 milióna eur, kým jeho bežná trhová cena je 600-tisíc eur. Komisia zadržiava peniaze v prípade deviatich z celkového počtu jedenástich programov.
Ak sa problém nevyrieši do konca roka, slovenská vláda bude mať vážne problémy udržať v roku 2014 naplánovaný deficit na úrovni 2,64 percenta hrubého domáceho produktu. Bruselom nevyplatené peniaze sa totiž doteraz vždy uhrádzali z rozpočtu Slovenskej republiky. Na porovnanie, suma 413 miliónov eur je raz taká vysoká ako vládou predstavený pozitívny balíček, prinášajúci napríklad zvýšenie minimálnej mzdy, rast vianočných dôchodkov či jazdu vlakom zadarmo pre dôchodcov a študentov.
O korupcii pri čerpaní eurofondov sa na Slovensku hovorí dlho a problém sa týka všetkých vlád pôsobiacich od roku 2004.
Zo slovenských inštitúcií na neefektívnosť čerpania eurofondov upozorňuje Najvyšší kontrolný úrad. Napríklad minulý rok uzavreté kontroly ukázali viaceré problémy pri čerpaní peňazí z Operačného programu Veda a výskum v rokoch 2009 až 2011. Podľa NKÚ sa stávali prípady, keď žiadateľ o eurofondy priznal nulové skúsenosti v oblasti vedy a výskumu, ale ministerskí úradníci mu aj tak udelili maximálny počet bodov, vďaka čomu získal státisíce eur na rozbehnutie svojho podnikania.
Ďalším problémom je, že úradníci prideľujú peniaze tým žiadateľom, ktorých projekty získajú najviac bodov. V praxi môže byť vyčlenených napríklad milión eur na podporu piatich najúspešnejších projektov. Ak maximálny počet bodov získa 20 projektov, je na ľubovôli úradníka, kto peniaze dostane a kto nie.
Ku koncu júna boli zo strany Európskej komisie prerušené lehoty pre platby v operačných programoch Zdravotníctvo, Výskum a vývoj, Regionálny operačný program, Vzdelávanie, Doprava, Informatizácia spoločnosti, Konkurencieschopnosť a hospodársky rast, Operačný program Bratislavský kraj a Technická pomoc. Čiastočne bol pozastavený aj program Zamestnanosť a sociálna inklúzia.