Na sudcu podala predsedníčka Okresného súdu Bratislava I Eva Fulcová v decembri 2013 a v marci 2014 návrhy na začatie disciplinárneho konania. Dôvodom bolo šesť prípadov, kde mu pripisujú spôsobenie prieťahov. Siedmy prípad sa týka prepustenia z väzby dvoch údajných členov bankomatového gangu. Juraj M. síce dvojici väzbu predĺžil, ale podľa šéfky súdu prípad neskoro posunul na krajský súd, medzitým uplynula obvineným lehota väzby a kraj ich musel pustiť na slobodu. Pre tento prípad Juraja M. stíha aj generálna prokuratúra, obvinili ho z marenia úlohy verejným činiteľom.
Disciplinárny senát prvého stupňa uznal Juraja M. v máji 2014 vinného zo všetkých siedmich skutkov a potrestal ho znížením platu o 70 percent na jeden rok. Sudca sa k prvým šiestim prípadom priznal. „Je pravda, že som na niektoré veci zabudol, ale v žiadnom prípade to nebolo úmyselné,“ povedal na ústnom pojednávaní. Vinu pri siedmom, väzobnom prípade, odmieta a voči rozhodnutiu sa odvolal.
Odvolací disciplinárny senát zrušil vlaňajší verdikt a sám rozhodol, že Juraj M. je vinný v prípadoch prieťahov. Disciplinárne konanie pri siedmej veci prerušil, keďže pre ten istý skutok Juraja M. už stíha prokuratúra. Odvolací senát mu preto upravil trest zníženie platu na 50 percent na pol roka.