Jeden z najdôležitejších pozmeňujúcich návrhov predložil samotný Petrák. Zriaďovateľ bude môcť podľa neho dvakrát po sebe odmietnuť kandidáta na riaditeľa školy, ktorého navrhla rada školy na základe výberového konania. V druhom prípade však nesúhlas zriaďovateľa s kandidátom na riaditeľa musí potvrdiť hlasovaním obecné zastupiteľstvo trojpätinovou väčšinou. V takom prípade o novom riaditeľovi školy rozhodne výberové konanie a nie rada školy. Podľa Petráka sa tak zrovnoprávni postavenie zriaďovateľa, ktorý je zodpovedný za financovanie a chod školy.
Pôvodne z novely predloženej do parlamentu vyplývalo, že ak zriaďovateľ školy nebude spokojný s kandidátom na riaditeľa, ktorého navrhla rada školy na základe výberového konania, písomne odôvodní svoj nesúhlas rade školy a následne sa uskutoční nové výberové konanie. Z neho by vzišiel kandidát, ktorého by rada školy opäť navrhla zriaďovateľovi. Tento návrh už mal byť pre zriaďovateľa záväzný. Podľa súčasného znenia zákona o štátnej správe v školstve zriaďovateľ vymenúva riaditeľa školy na návrh rady školy na základe výberového konania. Návrh rady školy je pritom pre zriaďovateľa školy záväzný.
Základné školy budú mať možnosť so súhlasom zriaďovateľa zriadiť špecializovanú triedu. V špecializovanej triede by sa mali vzdelávať žiaci, ktorí nemajú predpoklad úspešne zvládnuť obsah vzdelávania príslušného ročníka.
Triedna kniha sa podľa vládneho návrhu bude môcť viesť aj v elektronickej forme, aby sa znížila administratívna záťaž súvisiaca s vytváraním písomnej verzie. Aby však bola zabezpečená registratúra a jej uchovávanie, elektronická triedna kniha sa musí najneskôr na konci školského roka vytlačiť, podpísať a opatriť odtlačkom pečiatky školy. Terajšia právna úprava vedenie triednej knihy aj v elektronickej forme neumožňovala.
Novela mení termín zápisu detí do prvého ročníka v základných školách. Zápis sa namiesto pôvodného termínu od polovice januára do polovice februára posunie na nový termín, a to od začiatku do konca apríla. Odborári pritom hovoria o pozitívnej zmene vzhľadom na to, že u detí v tomto veku môže trojmesačné obdobie zohrávať významnú úlohu v ich vývine.
Štát podľa novely bude od 1. januára 2016 prispievať školám na žiakov, ktorí sa zúčastnia v škole v prírode alebo na lyžiarskom výcviku. Ide o jedno z 15 opatrení, ktoré sa nachádza v sociálnom balíčku Smeru. Ten schválil májový snem strany. Návrh, ktorý predložil poslanec za Smer Petrák, vytvára možnosť poskytnúť príspevok na organizovanie školy v prírode v základnej škole a na organizovanie kurzov pohybových aktivít v prírode v školách pripravujúcich na povolanie (základnej škole, strednej škole vrátane špeciálnych škôl). Výška príspevku na žiaka bude závislá od disponibilných zdrojov ministerstva školstva a ministerstva vnútra vyčlenených na tento účel a počtu žiakov v príslušných ročníkoch škôl.
Poslanec za Most-Híd Árpád Érsek pozmeňujúcim návrhom presadzuje, aby sa o rok posunula účinnosť ustanovenia zákona, ktorým sa upravujú minimálne počty žiakov v triede základnej školy. Málotriedne školy sa mali rušiť od 1. septembra, Érsek chce pre nich získať ešte rok.