Súčasné vedenie ministerstva pod vedením Juraja Draxlera vyhlasuje, že bude konať tak, ako ho k tomu zaviazalo právoplatné rozhodnutie Úradu pre verejné obstarávanie. Na otázku o vyvodení zodpovednosti reagovala hovorkyňa ministerstva školstva Beáta Dupaľová Ksenzsighová tým, že v tomto prípade už vyvodili personálnu zodpovednosť voči riaditeľovi odboru verejného obstarávania. Riaditeľa odboru Richarda Urbanoviča pritom odvolali k 1. októbru 2014, ešte za dnes už tiež bývalého ministra školstva Petra Pellegriniho.
To, že rezort pri uzatváraní dodatku k zmluve neoprávnene využil priame rokovacie konanie, skonštatoval úrad ešte v októbri minulého roka. Úrad v protokole o výsledku kontroly uviedol, že rezort školstva neoprávnene použil postup priameho rokovacieho konania a ani nepreukázal, že splnil podmienky na to, aby mohol tento postup využiť. To malo podľa ÚVO zásadný vplyv na výsledok verejného obstarávania. Podľa úradu rezort školstva porušil všetky princípy verejného obstarávania, najmä princíp transparentnosti. „Na základe uvedeného potenciálni záujemcovia nemali možnosť zúčastniť sa na zadávaní daného predmetu zákazky, čím bola zmarená čestná hospodárska súťaž," konštatoval ešte minulý rok Úrad pre verejné obstarávanie.
Dodatok k zmluve, ktorým predĺžil zmluvu firme Xepap na skladovanie a distribúciu učebníc o tri roky, podpísal koncom roka 2013 minister Čaplovič. Firma vyhrala v roku 2011 súťaž, ktorú vyhlásil ešte vtedajší minister školstva Eugen Jurzyca (SDKÚ-DS). Navyše sa však ministerstvo pod Čaplovičovým vedením zaviazalo v dodatku firme platiť mesačne ďalšie peniaze – paušál vo výške 14 570 eur. Ministerstvo školstva tvrdilo, že zmluvu rozšírili, lebo zabezpečujú v porovnaní s minulosťou omnoho viac učebníc a učebných pomôcok. To sa však nepozdávalo opozičným poslancom Miroslavovi Beblavému a Lucii Žitňanskej, ktorí podali v januári 2014 podnet na ÚVO. Kritizovali, že Čaplovič neponechal v platnosti existujúce podmienky zmluvy, ale pridal firme paušál 14 570 eur mesačne, teda spolu 524 520 eur za tri roky. Podľa nich takto Čaplovič zmenil ekonomickú rovnováhu zmluvy v prospech úspešného uchádzača, a to spôsobom, s ktorým zmluva nerátala.
V dodatku sa tiež píše, že nárok na mesačnú paušálnu odmenu vzniká firme bez ohľadu na množstvo uskladnených, poistených a strážených učebníc v danom kalendárnom mesiaci. „Inými slovami, minister Čaplovič jedným podpisom pridal firme pol milióna eur za nič," upozorňoval po zverejnení dodatku Beblavý. Úrad pre verejné obstarávanie vyčítal rezortu aj to, že nevysvetlili, ako stanovili predpokladanú hodnotu zákazky.