Súd ho odsúdil na dva roky odňatia slobody s podmienečným odkladom na tri roky. Ako novinárom po vynesení rozsudku povedal prokurátor Úradu špeciálnej prokuratúry Ján Šanta, obžaloba je spokojná s uznaním viny, výška trestu je však na zváženie.
Prokuratúra podľa neho navrhovala vyšší trest. "Odvolanie nie je vylúčené, " povedal Šanta. Právna zástupkyňa Branislava B. nepovedala, či sa voči rozhodnutiu súdu odvolá, chce sa skontaktovať najskôr s klientom, ktorý dnes na pojednávaní nebol.
Prokuratúra v marci 2012 podala na Branislava B. obžalobu, pripisuje mu prečin zneužívania právomoci verejného činiteľa. V čase jeho poverenia na riadenie a zastupovanie Slovenského pozemkového fondu od 29. marca 2007 do 10. apríla 2007 nechal vypracovať a podpísal viaceré zmluvy s reštituentmi o bezodplatnom prevode vlastníckeho práva k nehnuteľnostiam v katastrálnom území Veľký Slavkov a iných lokalitách (Vígľaš, Podkonice, Baláže).
Prokuratúra tvrdí, že pri týchto zmluvách nebol dodržaný úradný postup organizačných útvarov Slovenského pozemkového fondu pri uzatváraní zmlúv. Podľa riadneho postupu sa totiž reštituenti mali obrátiť so žiadosťou na regionálne úrady fondu. Branislav B. následne požiadal o vklad týchto zmlúv, pričom podľa prokuratúry pri ich vypracovaní uviedol nesprávny dátum ich vypracovania a podpisu tak, aby sa krylo s obdobím jeho poverenia na zastupovanie generálneho riaditeľa SPF.
Okresný súd v júli 2012 konanie voči Branislavovi B. zastavil, lebo podľa neho neboli naplnené zákonné znaky skutkovej podstaty prečinu zneužívania právomoci verejného činiteľa. Chýbala mu subjektívna stránka, teda Branislav B. podľa súdu nebol verejný činiteľ.
Prokuratúra uspela so sťažnosťou proti tomuto verdiktu. Krajský súd v Bratislave zrušil 15. decembra 2012 rozhodnutie prvostupňového súdu. Dôvodom však bola skutočnosť, že nižší súd nerozhodoval na pojednávaní, ale od stola. Preto muselo byť vytýčené hlavné pojednávanie.
Kauza Veľký Slavkov vyvolala vládnu krízu prvého Ficovho kabinetu, v ktorom boli so Smerom aj SNS a ĽS-HZDS. Práve Mečiarova strana do fondu nominovala Branislava B. O funkciu v čase kauzy prišiel minister pôdohospodárstva Miroslav Jureňa. Vláda odvolala správnu a dozornú radu Slovenského pozemkového fondu. Kabinet zmrazil akékoľvek nakladanie s pozemkami v správe SPF. Napokon sa menili aj pravidlá prevodov pozemkov v reštitučných prípadoch.