„Nikdy som nemal potom už príležitosť s pánom prezidentom o tom hovoriť, poznať jeho pocity, emócie, ktoré ho sprevádzali, keď sa to stalo. Aj keď sme sa párkrát potom stretli, táto téma nikdy nebola predmetom krátkych rozhovorov, aj keď som mal stiahnutý žalúdok. Pán prezident sa nikdy o tom nezmienil a ja som nemal odvahu. Škoda a možno to tak malo ostať nedopovedané. Odišiel, a tak to aj medzi nami ostane nedopovedané. Viem, možno je neskoro a možno nikdy nie je neskoro. Preto to urobím aspoň dnes (v stredu večer – pozn.). Pán prezident, prepáčte,“ dodal Flašík.
Ako kandidát HZDS bol Michal Kováč 15. februára 1993 v Národnej rade SR zvolený za prvého prezidenta samostatnej SR a inaugurovali ho 2. marca 1993. Obdobie jeho päťročného pôsobenia v úrade hlavy štátu bolo poznačené nedorozumeniami s vtedajším premiérom a predsedom HZDS Vladimírom Mečiarom. Rozpor medzi nimi zapríčinil nesúhlas prezidenta s nedemokratickými metódami vtedajšieho kabinetu. Kováčov parlamentný prejav v marci 1994 mal za následok, že poslanci vyslovili nedôveru Mečiarovi a znamenalo to následne pád jeho druhej vlády. Po návrate Mečiara do premiérskeho kresla na konci roku 1994 odmietol prezident Michal Kováč vymenovať Ivana Lexu do funkcie ministra pre privatizáciu. V snahe Vladimíra Mečiara a HZDS o diskreditáciu prezidenta bol jeho syn Michal zavlečený do Rakúska.
Na jeseň v roku 1995 navrhlo 80 poslancov HZDS odstúpenie Kováča z funkcie prezidenta. Napriek všetkým ťažkostiam Michal Kováč vo funkcii prezidenta SR zotrval a svoje funkčné obdobie ukončil päť rokov po svojom vymenovaní 2. marca 1998, keď odovzdal právomoci vláde SR. V roku 1999 Občianske združenie za znovuzvolenie Michala Kováča za prezidenta Slovenskej republiky iniciovalo kandidatúru Michala Kováča na post hlavy štátu, on sa však vzdal kandidatúry v prospech Rudolfa Schustera.
Prvý slovenský prezident Michal Kováč vo veku 86 rokov v stredu 5. októbra o 19:50 zomrel v Nemocnici sv. Michala na zlyhanie srdca. Do tejto nemocnice ho previezli v piatok 30. septembra na kardiologickú jednotku intenzívnej starostlivosti. Dôvodom boli kardiovaskulárne problémy. Bývalý prezident bojoval s podlomeným zdravím už niekoľko rokov, trpel aj Parkinsonovou chorobou.