Na Slovensku nebolo o Zajacovi počuť vyše desať rokov, odkedy posledný Dzurindov kabinet skončil. Odišiel s nálepkou, že zo zdravia urobil biznis a konal v mene finančných skupín, ktorým umožnil sprivatizovať všetko, čo vo sfére zdravotníctva prinášalo zisky. On však tvrdí, že ako jediný našiel odvahu od základov ho zreformovať. V každom prípade, na sklonku jeho pôsobenia vo funkcii dali od neho ruky preč aj poslanci vládnej koalície, ktorú reprezentoval. Šesťdesiatpäťročný Zajac si dnes už pokojne môže užívať dôchodok. Namiesto toho ohlásil comeback, i keď aktívny vstup do politiky vylučuje. Šéf liberálov Sulík jeho nomináciu zdôvodňuje tým, že bol „jediným ministrom zdravotníctva, ktorý mal za sebou výsledky“. Mieni spolu s ním pripraviť novú komplexnú reformu zdravotníctva, kde by sa napríklad zdravotné odvody hradili cez tzv. odvodový bonus.
Napriek tvrdej kritike Zajacových reforiem žiadna z nasledujúcich vlád zhoršujúci sa stav slovenského zdravotníctva nedokázala zmeniť. Zásadnou otázkou je, či sa bieda rezortu nezačala práve za Zajaca. A to nezvratnou privatizáciou zdravotníctva v prospech finančných žralokov, ktorú štát už nemá silu zvrátiť.
Sústavne sa napríklad nabaľujú dlhy štátnych nemocníc. Zajac síce presadil ich transformáciu na akciové spoločnosti, no sami jeho vládni partneri ju zastavili. V roku 2009 za ministra Richarda Rašiho (Smer) sa na oddlženie nemocníc použilo 130 miliónov eur, koncom roku 2011 za ministra Ivana Uhliarika (KDH) ďalších 305 miliónov, no do súčasnosti sa dlh už opäť vyšplhal na zhruba 600 miliónov eur. Dôsledkom sú viaceré štrajky zdravotníkov po celom Slovensku a všeobecná nespokojnosť so situáciou v zdravotníctve, ktorú však spôsobuje aj rad ďalších faktorov.
Zajac prešiel do politiky z postu riaditeľa súkromnej akciovky Tatra–Alpine. Vo voľbách 2002 sa kvalifikoval do parlamentu ako poslanec za stranu ANO, ktorá, keď vstúpila do vlády, nominovala ho za šéfa zdravotníckeho rezortu.
V septembri 2004 sa mu v parlamente podarilo presadiť šesticu zdravotníckych zákonov. Pomohli mu aj opoziční poslanci, najmä z radov rozpadajúceho sa HZDS, a svoj hlas pridal aj vtedajší poslanec Smeru Bohumil Hanzel. Niektorí kolegovia z opozície vtedy otvorene spomínali „kupovanie hlasov“. Hneď večer po hlasovaní navyše Zajac vybraných politikov, koaličných aj opozičných, pozval na husacie hody do Slovenského Grobu. Objednal im dokonca na odvoz pred parlament špeciálny mikrobus mercedes. Smer už v tom čase riešil stranícky trest pre Hanzela. Prezident Ivan Gašparovič síce zákony vetoval, no v októbri toho istého roka prešli aj po druhý raz. „Vznikne konflikt vo vzťahu medzi poskytovateľmi, pacientmi a poisťovňami, pretože paragrafy nie sú jasné. Systém sa nezlepší, naopak, skomplikuje sa,“ varovala vtedy poslankyňa KDH Mária Sabolová, ktorá sa ako jediná z koalície hlasovania zdržala. Opozícia hovorila o sprivatizovaní celého zdravotníctva a niektoré reformné kroky napadla na Ústavnom súde. Poslankyňa opozičného HZDS Katarína Tóthová zhodnotila, že „vo svete sa síce robia pokusy na zajacoch, ale len na Slovensku robí Zajac pokusy na ľuďoch“.
Šéf Smeru Fico už po schválení týchto zákonov vyhlásil, že Zajaca riadia finančné skupiny. V súvislosti so zdravotníckou reformou sa skloňovala najmä Penta. Spoluprácu s ňou pri tvorbe zákonov minister vždy dôrazne odmietal. Práve on však svojimi krokmi umožnil sprivatizovať súkromníkom všetky lukratívne zložky zdravotníctva – záchranku, laboratóriá, röntgeny a podobne. A v súčasnosti skupina Penta ovláda obrovský segment slovenského zdravotníctva, keď vlastní zdravotnú poisťovňu Dôvera, sieť lekární Dr. Max, nemocnice združené vo Svete zdravia či polikliniky ProCare.
Privatizáciou, ktorá sa rozbehla za Zajaca, prišiel štát o zisk, ktorý z týchto výkonov dovtedy mal. A naopak, na jeho pleciach zostali stratové činnosti, napríklad starostlivosť o dlhodobo chorých, geriatria a podobne. Pritom sám Zajac tvrdí, že len 15 percent populácie, a to práve chronicky chorí a seniori, dnes spotrebúvajú 80 až 85 percent zdrojov, ktoré do zdravotníctva tečú.
Záver Zajacovho pôsobenia na ministerstve sa spája s ostrým štrajkom bratislavských lekárov, ktorý prerástol do celoslovenského protestu. Jeho reformy dodnes zostávajú explozívnou témou, ktorá v mnohých ľuďoch na rôznych koncoch systému vyvoláva hnev a nevraživosť.