Prokurátor Michal Serbin už v roku 2000 podal na súd obžalobu na trinásť ľudí vrátane niekdajšieho riaditeľa Slovenskej informačnej služby (SIS) Ivana Lexu. „Pre očistu spoločnosti a fakt, že príslušníci štátneho orgánu chránení nezákonnou amnestiou si nemôžu dovoliť zneužívať svoje postavenie, by mali dostať diferencované tresty odňatia slobody nepodmienečne ako výstrahu pre iných porušovateľov právneho poriadku v Slovenskej republike,“ povedal v apríli Serbin.
Poslanci drvivou väčšinou schválili uznesenie, ktorým zrušili amnestie Mečiara z marca a z júla 1998. Zrušili tiež milosť vtedajšieho prezidenta Michala Kováča z decembra 1997, ktorú dal svojmu synovi Michalovi v kauze Technopol.
Rozhodnutiu parlamentu predchádzal prvý, ale najvážnejší krok, a to prijatie vládnej novely ústavy koncom marca. Tá dala parlamentu právomoc rušiť amnestie a milosti hlavy štátu, ak odporujú princípom demokratického a právneho štátu. Za novelu ústavy hlasovalo 124 poslancov, traja boli proti a sedem sa zdržalo.
Ide o demokratický a právny štát
Ústavný právnik a poslanec Mostu-Híd Peter Kresák, ktorý sa podieľal na príprave nového ústavného textu, hovoril, že hlasovanie poslancov je nielen o zrušení Mečiarových amnestií, ale aj o vzťahu k demokratickému a právnemu štátu. „Nemajme, prosím, krvavé oči. Nehovorme občanom, že ak sa nám podarí zrušiť amnestie, pôjde osoba x do väzenia. Chceme iba, aby sa obnovila spravodlivosť a aby sa Slovenská republika dokázala po 20 rokoch hrdo pozrieť do očí občanom a aj medzinárodnému spoločenstvu,“ vyhlásil Kresák.
Prijatím spomínaného uznesenia, ktorým sa fakticky zrušili amnestie, však ešte nebolo vyhraté. Do celej záležitosti vstúpil Ústavný súd, ktorý mal 60 dní na to, aby povedal, či bolo rozhodnutie parlamentu v súlade s ústavou. Ústavný súd koncom mája urobil napokon posledný krok. Za súlad zrušenia amnestií s ústavou hlasovalo z desiatich ústavných sudcov osem. Iba dvaja sudcovia, Milan Ľalík a Peter Brňák, mali odlišné stanovisko.
Advokát Ivana Lexu Ľubomír Hlbočan kritizoval rozhodnutie Ústavného súdu. To vraj nerešpektovalo Európsky súd pre ľudské práva, ktorý podľa advokáta už v minulosti vydal rozhodnutie, v ktorom konštatoval porušenie občianskych a ľudských práv Lexu. „Už vôbec nemôže slovenský parlament rušiť rozhodnutie európskeho súdu a ani Ústavný súd si nemôže dovoliť nerešpektovať toto rozhodnutie, lebo je záväzné,“ tvrdil Hlbočan.
Tresty sú otázne
Po rozhodnutí ústavných sudcov prišiel na rad Okresný súd Bratislava III, ktorý sa začal prípadom únosu zaoberať. Rozsiahly spis, ktorý má približne 20-tisíc strán, si musel naštudovať zákonný sudca. V novembri hovorca Krajského súdu v Bratislave Pavol Adamčiak informoval, že sudca si už spis naštudoval a v súčasnosti ho študujú obvinení a ich advokáti. Kedy sa rozbehne súdny proces, sa ešte nevie. Otázne je tiež, či a aké tresty padnú.
Bezpečnostný analytik Milan Žitný mal pochybnosti o tom, či dôjde k potrestaniu páchateľov. „Som presvedčený, že potrestaní nebudú a do väzenia nepôjdu,“ vyjadril sa v marci pre Pravdu Žitný.
Únos prezidentovho syna sa stal 31. augusta 1995. O pár mesiacov neskôr v roku 1996 zomrel pri výbuchu svojho auta Róbert Remiáš, ktorý bol spojkou korunného svedka únosu Oskara Fegyveresa. Už krátko po únose sa začali objavovať indície, že za zavlečením Kováča ml. do cudziny mohli byť príslušníci SIS. Počas vyšetrovania boli vymenení viacerí nepohodlní vyšetrovatelia.
Na jar v roku 1998 vo funkcii prezidenta skončil Michal Kováč. Keďže parlament nedokázal zvoliť novú hlavu štátu, niektoré jej právomoci prevzal vtedajší premiér Mečiar a následne amnestoval páchateľov trestného činu zavlečenia. Mečiar tvrdil, že sa tak prispeje k spoločenskému zmiereniu, čo sa však nestalo.
Od roku 1999 nasledovali neúspešné pokusy skoncovať s amorálnymi amnestiami. Tie sa však nevzťahovali len na únos, ale aj na páchateľov zmareného referenda v roku 1997 o vstupe Slovenska do NATO. Prezident Michal Kováč totiž pripojil k trom referendovým otázkam aj štvrtú o priamej voľbe hlavy štátu. Vtedajší minister vnútra za HZDS Gustáv Krajči dal tlačiť hlasovacie lístky len s tromi otázkami, bez štvrtej o priamej voľbe prezidenta.
Vznikla chaotická situácia, keď ľudia v niektorých hlasovacích miestnostiach dostali lístok s troma a inde so štyrmi otázkami. Referendová komisia preto vyhlásila, že referendum bolo zmarené.