Predseda NKÚ SR Karol Mitrík v pondelok (17.12.) konštatoval, že transformácia SAV nebola do detailu premysleným procesom. Ak by sa spracovali projekty transformácie jednotlivých ústavov, vyhlo by sa vzniknutým nedorozumeniam. SAV v tejto súvislosti konštatuje, že toto je námietka, adresátom ktorej je zákonodarca a nie SAV.
Príčiny problémov v procese transformácie organizácií SAV na VVI vidí NKÚ po kontrole napríklad v nejednoznačnosti zákona o SAV v kontexte so zákonom o VVI. Tiež v čase určenom na transformáciu, ktorý bol na Slovensku takmer o polovicu kratší ako v Českej republike. Problémom bola podľa úradu aj nedostatočná a neskorá komunikácia SAV s ministerstvom školstva.
Na základe kontroly tak NKÚ odporúča v tomto prípade postupovať pri zmene právnej formy organizácií SAV procesom, ktorý je upravený v zákone o VVI. Zároveň kontrolný úrad nevylučuje ani možnosť robiť transformáciu jednotlivých ústavov postupne, na dobrovoľnom princípe. Vychádzalo by sa pri tom z posúdenia ich ekonomickej životaschopnosti, konkurencieschopnosti a aj z možnosti využiť príležitosti, ktoré by im nová právna forma umožňovala. Nie všetky sú totiž schopné generovať dostatočné príjmy.