Písal históriu Slovenska v deviatich zväzkoch pod titulom Stopy dávnej minulosti. Za prvý diel Stopy dávnej minulosti 1. – Slovensko v praveku získal cenu ministerstva kultúry SR – Najkrajšie knihy Slovenska 2002. Táto kniha stále patrí k najúspešnejším v edícii.
Aj keď ho verejnosť pozná najmä ako historika, štúdium histórie paradoxne dokončiť nechcel. „Nebavilo ma to. Prihlásil som sa študovať históriu pod vplyvom učiteľky na gymnáziu, ktorá mi hovorila, aký som dejepisný talent. Išiel som na Filozofickú fakultu Univerzity Komenského v Bratislave. Ale veľmi rýchlo som prišiel na to, že tie dejiny sú hrozne povrchné. Stranícke orgány predpísali tézy, ako majú dejiny vyzerať, a historici to napĺňali,“ priznal autor pred rokom v rozhovore pre Pravdu. „Na konci štúdia som sa zamestnal v novinách a rozhodol som sa, že v nich aj zostanem. Načo mi je promócia a titul. Keď som to oznámil rodičom, bol z toho veľký poplach, aj v zamestnaní. Rodičia boli nešťastní, vyvinuli na mňa veľký tlak, až som mu nakoniec podľahol. A urobili dobre,“ dodal.
VIDEO: Pavel Dvořák v TV Pravda – v ankete osobností 4. decembra 2018 odpovedal, kto je podľa neho najväčší Slovák…
V roku 1991 založil v Budmericiach vydavateľstvo RAK. V roku 2001 vydal RAK Kroniku anonymného notára kráľa Bela (Gesta Hungarorum) od historika Vincenta Múcsku, ktorú UNESCO vyhlásilo za knihu roka 2001. Uspela spomedzi 749 titulov z 31 krajín.
Všetky knihy z Vydavateľstva RAK sú dizajnérskym a fotografickým dielom jeho staršieho syna, Jakuba Dvořáka. Vyniká najmä cyklus Stopy dávnej minulosti, s podtitulom Dejiny Slovenska v príbehoch od najstarších čias až do súčasnosti – Slovensko v praveku, Slovensko v staroveku, Zrod národa, Slovensko v Uhorskom kráľovstve, Slovensko v stredoveku – Druhé kráľovstvo a jeho koniec, Slovensko v stredoveku – Čas, cudzích kráľov a siedmy zväzok Slovensko na konci stredoveku. Na Stopách dávnej minulosti 8, Slovensko v čase tureckých vojen (Smrť sultána Sulejmana) po ochorení Jakuba Dvořáka pracovali obaja bratia, Jakub a Pavel, spoločne. Posledný deviaty zväzok z cyklu Stopy dávnej minulosti dokončil Dvořák len dva mesiace pred smrťou.
Ako vznikol nápad postaviť históriu na príbehoch, prezradil v rozhovore pre Pravdu. „Už som mal za sebou veľa kníh, keď som začal písať dejiny Bratislavy. Bola to veľmi hrubá kniha a mala názov Zlatá kniha Bratislavy. Čo nebolo vyťahovanie sa, ale v prvej polovici 20. storočia vyšla kniha s rovnakým názvom a ja som na ňu chcel nadviazať. Ukázalo sa, že sa to nedá, že tá kniha má úplne iný charakter, keďže tam bolo veľa reklamy, inzerátov, občas nejaká štúdia. Tak som začal skladať svoju knihu od najstarších dejín až do súčasnosti, a pretože som mal skúsenosť, že najväčší úspech mali tie knihy, v ktorých boli príbehy, tak som cieľavedome začal stavať dejiny Bratislavy na príbehoch,“ spomínal pred rokom historik.
„Keď kniha vyšla, bol som veľmi nervózny. A rád spomínam na to, ako vyšiel Večerník s titulom Dvořák na dračku. Kniha sa vydala v priebehu roka trikrát a dosiahla vysoký náklad, asi 15-tisíc, ktorý už vtedy bol rekordný, dnes ani nehovorím. Tie náklady sú okrem nejakých ženských románov oveľa nižšie. Takže v praxi som si overil, že príbeh je nosný a až potom je zaujímavá aj história. Neskôr som to teda otočil,“ opísal začiatok nového spôsobu rozprávania Dvořák.
Vo Vydavateľstve RAK nedávno vyšla aj publikácia Tatove odkryté dejiny. Autorkou knižky je spisovateľova dcéra, novinárka Barbora Dvořáková Hatráková (1966). Knižku venovala predčasne zosnulému bratovi Jakubovi. Publikácia zachytáva spomienky dcéry, ktorá prežila podstatnú časť života vedľa svojho otca. Opisujú podstatné detaily z jeho života, vysvetľujú českosť mena slovenského historika i okolnosti, ako sa prihodilo, že Pavel Dvořák sa stal jedným z najznámejších historikov, spisovateľov, televíznych scenáristov a moderátorov.
„Vždy, keď som niekde s mojím tatom, jedno, či ideme po Bratislave, či sme na výlete, na lyžiarskom svahu (áno, aj po osemdesiatke je vášnivým lyžiarom), alebo keď pred cintorínmi kupujeme na Dušičky sviečky (je to náš každoročný rituál, bohužiaľ, z roka na rok sviečok pribúda), som svedkom toho, ako sa k nemu ľudia hlásia: Pán Dvořák, čítali sme vaše knihy, videli vaše filmy, boli sme na vašej besede… Až ma udivuje, koľko Slovákov sa zaujíma o históriu,“ priblížila knihu autorka.
Pavel Dvořák napísal vyše dvadsať kníh, tisícky článkov, scenáre pre približne 100 televíznych filmov a nahral zhruba 100 rozhlasových pásiem venovaných histórii. V rokoch 1982–1988 sa odvysielalo 20 dielov televízneho seriálu Múzeum život. Na prelome tisícročí sa začali vysielať jeho televízne seriály s názvom Stopy dávnej minulosti a Putovanie stáročiami. V rozhlase mu v rokoch 1992–1997 odvysielali seriál Príbehy z vitrín.
V roku 2008 mu udelili Pribinov kríž II. triedy za významné zásluhy o kultúrny rozvoj Slovenskej republiky. Za populárnu publikáciu Prvá kniha o Bratislave z roku 2006 získal cenu ministra kultúry SR. Cenu Ministerstva kultúry SR získal aj v roku 2002. Za svoju prácu dostal aj viacero ďalších ocenení. Cenu SAV za popularizáciu vedy mu udelili v roku 1994. Nadácia Egona Erwina Kischa ho v rokoch 1994 a 2000 ocenila prestížnou medzinárodnou cenou za oblasť literatúry faktu. V roku 1997 sa stal držiteľom ceny Krištáľové krídlo.