„Keby som demisiu nepodal, tak by som si sám seba nemohol vážiť, zároveň pre mňa sú celý život kľúčové dve slová – profesionalita a zodpovednosť. Keby som nevypočul volania, ktoré boli veľmi intenzívne, aj zo Slovenska, aj zo zahraničia, tak by som sa tej zodpovednosti spreneveril,“ povedal Lajčák pre agentúru SITA. Minister podal koncom novembra demisiu pre nesúhlas vlády s vycestovaním do Marakéša, kde sa konala konferencia o migračnom pakte OSN. Tento dokument pomáhal Lajčák vytvoriť počas svojho pôsobenia v Organizácii Spojených národov.
Minister pripustil, že podanie ako aj stiahnutie demisie je v slovenských podmienkach a histórii výnimočný akt, v medzinárodnej praxi to ale podľa neho až také výnimočné nie je. „Je to najvyššia politická miera vyjadrenia nesúhlasu,“ povedal na margo podania demisie. Tú podľa svojich slov podal, pretože to považoval za jedinú možnú reakciu na situáciu, ktorá na Slovensku bola.
„Bolo to profesionálne asi najťažšie obdobie. Mierou stresu sa tomu približujú iba moje časy v Bosne a Hercegovine. Naozaj to boli neprespané noci, mučivé rozhovory, veľmi ťažké dilemy. Dnes som v súlade so svojím svedomím,“ dodal.
Minister zahraničných vecí prvýkrát pripustil podanie demisie 20. novembra. Dôvodom bolo, že vláda, koalícia, ale aj 90 poslancov naprieč opozíciou aj koalíciou odmietlo nielen prijať migračný kompakt, ktorého spoluautorom je Lajčák, ale odmietlo, aby niekto išiel do Marakéša prezentovať odmietavú pozíciu Slovenska. Vo štvrtok 29. novembra, keď parlament hlasmi Smeru, SNS, ĽSNS a Sme rodina schválil uznesenie, proti ktorému bol Lajčák, minister oznámil podanie demisie. V piatok ju odovzdal prezidentovi Andrejovi Kiskovi. Následne premiér Peter Pellegrini vyhlásil, že s demisiou nesúhlasí a bude ministra presviedčať, aby ostal. Pre ministrovu demisiu Slovensko navštívil aj generálny tajomník Organizácie pre bezpečnosť a spoluprácu v Európe, ktorej budeme v roku 2019 predsedať. Rokovania o ministrovom zotrvaní sa uskutočnili aj vo formáte prezident, premiér a minister. Napokon 7. decembra Lajčák oznámil, že sťahuje svoju demisiu, čo prezident prijal.