Išlo o kauzu Technopol, v ktorej mal figurovať aj syn prezidenta Michal Kováč ml. Jeden z organizátorov podvodu bol zaň v Nemecku odsúdený, ostatných obvinení zbavili. Pre politizáciu prípadu udelil v roku 1997 vtedajší prezident Kováč všetkým obvineným milosť. Počas trvania kauzy sa Kočner skrýval v zahraničí.
Ešte väčší záujem vzbudil v roku 1998, keď obsadil areál televízie Markíza s početnou ochrankou. A naposledy, keď na súde žiadal od tejto televízie vyplatenie zmeniek za 70 miliónov eur. Postupne získal povesť kontroverzného podnikateľa. Stihol sa objaviť na mafiánskych zoznamoch, jeho meno figuruje v kauzách ako Gatex, Pezinská skládka, Glance House, hotely na Donovaloch, Sasanka, Five Stars Residence, Welten či Technopol Services. „V minulosti som sa s ním stretol v rámci obchodného sporu na súde, kde vystupoval dosť suverénne, bol presvedčený, že spor vyhrá, a dosť to dával na najavo. Bol to človek, ktorý si bol istý svojím víťazstvom. Vyvinulo sa to nakoniec inak,“ spomína na Kočnera advokát, ktorý si neželal byť menovaný.
Svoje sebavedomie dával Kočner najavo dlhé roky. Voči novinárom pravidelne vystupoval arogantne a povýšenecky. Spolu s partnerkou, s ktorou vychovával dve dcéry, sa často objavoval na prominentných akciách, plesoch či na odovzdávaniach rôznych cien. Hrdo sa prezentoval svojimi známosťami s politikmi, umelcami či modelkami. Rovnako sa netajil ani majetkom. S rodinou žil vo vile na bratislavskej Kolibe. Vlastnil rodinný dom v Bernolákove, pozemky pri Čunove a Vinohradoch či niekoľko bytov v Bratislave. Viacero nehnuteľností mu patrilo aj v lyžiarskom stredisku Donovaly. V jeho vozovom parku nechýbali luxusné autá a v Chorvátsku rodinná jachta.
Veľké majetky sú už však dnes minulosťou. V lete minulého roka mu bol zhabaný celý majetok pre kauzu špekulatívnych podvodov hotelov na Donovaloch, ktoré niekoľkokrát zmenili majiteľa, no podľa vyšetrovateľov za nimi stále boli Kočnerove firmy. Navyše si podnikateľ nechal vyplatiť od štátu vratky DPH vo výške 8 miliónov eur.
Vlani v októbri polícia vykonala aj viaceré domové prehliadky v súvislosti s jeho možným podielom na marcovej úkladnej vražde novinára a jeho snúbenice. V tom istom mesiaci prišlo aj obvinenie zo spoluúčasti na krátení daní pri predaji bytov v bratislavskom komplexe Five Star Residence, keď až 17 luxusných bytov predala jedna jeho firma druhej za jediné euro. V následne o necelý mesiac neskôr ho obvinili aj z poškodzovania veriteľa v spoločnosti Welten v súvislosti so získaním golfového areálu v Báči pri Dunajskej Strede.
Kočnerovo meno sa už oficiálne spája aj s vraždou investigatívneho novinára Jána Kuciaka a archeologičky Martiny Kušnírovej. Čelí obvineniu z jej objednania.
Kočnerove Kauzy
- Technopol I Podvod na spoločnosti Technopol sa mal stať v roku 1992, keď spoločnosť vyplatila holandskej firme Introcommerce 2,3 milióna dolárov za dodávku textilu, ktorá nebola nikdy zrealizovaná. Vyšetrovanie na Slovensku nebolo úspešné, prípad neskôr prebralo Nemecko. Interpol vydal medzinárodný zatykač na Mariana Kočnera aj na syna vtedajšieho prezidenta Michala Kováča mladšieho. Všetkým v decembri 1997 prezident Kováč udelil milosť.
- Ovládnutie Markízy – kauza Gamatex V auguste 1998 spoločnosť Kočnera a Štefana Ágha Gamatex ako vlastník 51-percentného podielu v spoločnosti STS prevádzkujúcej Markízu obsadila areál televízie ochrankou. Dôvodom bola pohľadávka majiteľa firmy Espé Siloša Pohánku voči Markíze, ktorú mu mal vystaviť vtedajší riaditeľ televízie Pavol Rusko. Kočner mal údajne pohľadávku od Pohánku získať za jedinú korunu. Rusko musel pre zachovanie vysielacej licencie spoločnosť Gamatex odkúpiť za zhruba 100 miliónov korún (3,3 milióna eur).
- Automobilka Kia Kočnerova spoločnosť Gamatex Plus v roku 2004 skúpila časť pozemkov pod budúcou automobilkou Kia v Tepličke nad Váhom. Podnikateľ sa dostal opäť do sporu so svojím bývalým spolužiakom a vtedajším ministrom hospodárstva Pavlom Ruskom (ANO), keďže požadoval vyššiu ako štátom stanovenú výkupnú cenu. Štát nakoniec pozemky odkúpil, pričom Kočner mal na obchode zarobiť zhruba štvrť milióna korún (8,3 tisíca eur).
- Glance House Kauza sa týka prevodu bytovky Glance House v Bernolákove na firmu blízku Kočnerovi. Prevod zablokovanej novostavby umožnil v roku 2012 bývalý generálny prokurátor (vtedy námestník generálneho prokurátora) a podnikateľov kamarát Dobroslav Trnka. Ľudia, ktorí si byty v projekte kúpili, ich pre množstvo súdnych sporov nikdy nedostali.
- Hotely na Donovaloch Kočner vlastní hotelové komplexy na Donovaloch – Residence Hotel a Hotel Šport. V rokoch 2010 a 2012 niekoľkokrát zmenili majiteľov, pričom za nimi vždy stáli jeho alebo jemu blízke firmy. Prípad začali vyšetrovať, ale trestné stíhanie bolo zastavené. K jeho obnove prišlo až na pokyn prokurátora Úradu špeciálnej prokuratúry a po výmene vyšetrovateľa, ktorý bol aj disciplinárne stíhaný. 21. septembra 2017 Kočnera spolu s Janou Šlachtovou, ktorá Kočnerovi pri machináciách mala pomáhať, a Petrom P. obvinili z trestného činu krátenia dane a poistného. Špekulatívnymi prevodmi sa podľa vyšetrovateľov Kočner dostal k vratkám DPH vo výške 8 miliónov eur. Nehnuteľnosti na Donovaloch mu spolu s ďalším majetkom na začiatku augusta 2018 zaistili.
- Mafiánske zoznamy Za éry policajného prezidenta Jaroslava Spišiaka sa na začiatku októbra 2011 do médií dostali policajné súbory s podrobnými informáciami o vyše 300 členoch bratislavského podsvetia a ich spolupracovníkoch, rozdelených podľa jednotlivých skupín. Pri osobách boli aj údaje o bydlisku, autách a zbraniach. Medzi spolupracovníkmi mafiánov bolo aj Kočnerovo meno. Ten pravosť zoznamov spochybnil a prepojenia s podsvetím odmietol.
- Sasanka Na konci januára 2012 krátko pred predčasnými voľbami po páde vlády Ivety Radičovej sa na verejnosť dostala SMS komunikácia z novembra 2010 medzi Kočnerom a vtedajším predsedom parlamentu Richardom Sulíkom (SaS). Rozoberali v nich tajnú voľbu generálneho prokurátora v parlamente. Sulík pravosť esemesiek pripustil. Neskôr bolo zverejnené aj video z Kočnerovho domu. So Sulíkom tu podnikateľ rozoberal slabú pozíciu premiérky Radičovej i požiadavku Sulíka, aby Kočner cez svojho známeho generálneho prokurátora Trnku ovplyvnil vymenovanie šéfa Vojenskej spravodajskej služby.
- Kauza Gatex Spoločnosť Gatex, ktorej konateľom a majiteľom bol Kočner od roku 2006, si vzala bankový úver 25 miliónov korún (830-tisíc eur) na kúpu a rekonštrukciu nehnuteľností v Kučišdorfskej doline pri Pezinku. Po jeho získaní vyplatila predávajúcemu 16 miliónov, ale keďže vraj nemal pripravenú kúpnu zmluvu, na žiadosť Kočnera poslal peniaze späť, a to na Kočnerov osobný účet. Z firmy si podnikateľ ešte vybral 4,5 milióna korún (150-tisíc eur) údajne ako províziu za sprostredkovanie úveru, a Gatex predal svojej bývalej účtovníčke, ktorá o jeho prevodoch nevedela. Po viacerých trestných oznámeniach 8. augusta 2017 bol Kočner obvinený z pokračujúceho obzvlášť závažného zločinu porušovania povinnosti pri správe cudzieho majetku.
- Televízne zmenky V júni 2016 si Kočnerova spoločnosť Správa a inkaso zmeniek začala na Okresnom súde Bratislava V uplatňovať zmenky za takmer 70 miliónov eur. Ich vystaviteľom má byť bývalý riaditeľ Markízy Rusko a ručiteľom Markíza. Televízia tvrdí, že zmenky sú falošné a boli podpísané až v čase, keď už Rusko nemal právo konať za televíziu. Národná kriminálna agentúra 20. júna 2018 zatkla Kočnera a deň nato aj Ruska. Vyšetrovateľ ich obvinil z trestného činu falšovania, pozmeňovania a neoprávnenej výroby peňazí a cenných papierov v jednočinnom súbehu so zločinom marenia spravodlivosti formou spolupáchateľstva. Kočner je stíhaný väzobne, Rusko na slobode.