Komisia konkrétne tvrdí, že SR do svojej národnej legislatívy správne nezaviedla alebo že nedodržiava niektoré články európskej smernice o biotopoch a smernice o vtákoch.
V rámci svojho mesačného balíka právnych rozhodnutí týkajúcich sa porušení právnych predpisov EÚ, ktorých sa dopustili jednotlivé členské štáty, EK upozornila, že v slovenských lesoch nachádzajúcich sa v lokalitách sústavy Natura 2000 sa uskutočňuje intenzívna ťažba dreva. Ide najmä o asanačnú ťažbu vykonávanú v reakcii na rušivé zásahy v lesoch, ako sú zamorenie lykožrútom alebo škody spôsobené búrkou.
Slovenské právne predpisy však podľa EK nezabezpečujú, aby boli činnosti asanačnej ťažby, ktoré by mohli mať významný vplyv na lokality sústavy Natura 2000, podrobené potrebným posúdeniam. Zároveň sú stále v platnosti plány obhospodarovania lesov, ktoré v minulosti neboli predmetom takéhoto posúdenia. Týka sa to aj potreby zabrániť poškodeniu biotopov a narušeniu populácie chráneného druhu.
V správe EK sa uvádza, že od vstupu SR do Únie v roku 2004 populácia hlucháňa hôrneho (Tetrao urogallus) v rámci 12 osobitne chránených území, ktoré boli klasifikované na účely jeho ochrany v zmysle smernice o vtákoch, poklesla o polovicu. Hlavným dôvodom je zánik vhodných biotopov spôsobený ťažbou dreva.
Slovensko prijalo plán záchrany hlucháňa hôrneho, v ktorom uznalo tento pokles a vymedzilo opatrenia na jeho zastavenie. Tieto opatrenia sa však vo všeobecnosti neuskutočnili a ťažba dreva v lesoch s výskytom hlucháňa hôrneho pokračovala. Komisia preto zastáva názor, že SR nepodnikla náležité kroky na to, aby predišla poškodeniu biotopu hlucháňa hôrneho a poklesu populácie tohto vzácneho živočíšneho druhu.
Slovensko okrem toho neprijalo ani ochranné opatrenia pre sedem z 12 osobitne chránených území klasifikovaných v prípade hlucháňa hôrneho.
Komisiu znepokojuje, že ani po zmenách slovenských právnych predpisov v oblasti ochrany prírody a lesného hospodárstva smernica o biotopoch nie je správne zavedená do vnútroštátneho práva a že na Slovensku pretrváva riziko ďalšieho poklesu populácie hlucháňa hôrneho. Komisia sa preto rozhodla podať na Súdny dvor EÚ návrh na začatie právneho konania proti Slovensku.