Svoje pôsobenie v úrade generálneho prokurátora Čižnár nehodnotí. „Nebudem hodnotiť sám seba. Je logické, aby moje pôsobenie a najmä prácu hodnotili v prvom rade kolegovia, odborná, ale i laická verejnosť. Napokon, moju prácu už ‚objektívne‘ zhodnotili niektoré médiá a politici v uplynulých dňoch,“ skonštatoval.
Čižnár odmieta kritiku médií a politikov, že by sa nekonalo voči jeho predchodcovi Dobroslavovi T. „Podľa zákona pozastaviť výkon funkcie prokurátora môžem len vtedy, ak je prokurátorovi vznesené obvinenie pre úmyselný trestný čin. A vždy som tak aj robil. V tom čase nebolo Dobroslavovi T. vznesené obvinenie a jeho ďalšie zotrvanie vo funkcii prokurátora bolo len na jeho osobnom rozhodnutí, čo potvrdila vo svojom vyhlásení aj Rada prokurátorov SR, ktorá ho vyzvala na prerušenie výkonu funkcie,“ reagoval.
Zároveň poďakoval novinárom za informácie, ktoré vo viacerých veciach vyústili až do trestného stíhania.
Čižnára 18. júna 2013 zvolilo v tajnej voľbe 82 poslancov Národnej rady SR. Následne ho 17. júla vymenoval prezident SR Ivan Gašparovič. Od vzniku SR je v poradí šiestym generálnym prokurátorom SR. Prvým generálnym prokurátorom v histórii samostatnej SR bol Vojtech Bacho. Post zastával v rokoch 1990 až 1994.