Hlavný obžalovaný však dohodu pred súdom odmietol, v dôsledku čoho ju súd odmietol ako celok, pretože išlo o spoločné konanie pre všetkých obvinených. Sudca vrátil kauzu prokurátorovi do prípravného konania.

„Na dnešnom verejnom zasadnutí nedošlo k schváleniu predložených dohôd o vine a treste z dôvodu, že jeden z obvinených odpovedal na jednu z obligatórnych otázok ‚nie‘. Tým pádom zákonný postup je taký, že súd túto vec nemôže schváliť a musí ju vrátiť do prípravného konania. V ďalšom štádiu konania teda bude zvážené, či bude podaná obžaloba, alebo uzatvorené dohody o vine a trste,“ objasnil prokurátor Ondrej Repa s tým, že v tomto štádiu sa javí ako efektívnejšie podanie samostatnej obžaloby. Podľa prokurátora mal obvinený Pavol Konkoľ v predloženej dohode navrhnutý nepodmienečný trest odňatia slobody a ostatní traja mali navrhnuté podmienečné tresty, lebo u nich boli iné rozsahy trestnej činnosti. „U Pavla K. išlo o škodu vyčíslenú vo výške približne 15 mil. eur,“ priblížil Repa.

Obvinený Konkoľ svoje rozhodnutie odôvodnil tým, že vedie tri firmy a vo štvrtej je konateľom. „Po predchádzajúcich skúsenostiach, keď som bol vo väzbe, tak musím konštatovať, že tieto firmy sú o mojich rozhodnutiach a konaniach. Konám tak aj s vedomím, že možno v súdnom konaní dostanem väčší trest, lebo musím zabezpečiť činnosť firiem, pričom ide zhruba o 1 200 zamestnancov,“ uviedol obvinený s tým, že je aj v záujme štátu, aby v tejto činnosti pokračoval.
Pokiaľ ide o trestnú činnosť obžalovaných okolo Konkoľa, tá sa podľa medializovaných informácií mala týkať „vystavovania nepravdivých účtovných dokladov, na základe ktorých si simulovaným spôsobom vytvorili podmienky potrebné na uplatnenie odpočtov DPH alebo sa cez fiktívne náklady vyhýbali daňovej povinnosti, ktorá im vyplývala z iných reálnych zdaniteľných plnení“.
V kauze Babylon sú obžalovaní bývalý šéf kontrarozviedky Slovenskej informačnej služby Ľubomír Arpáš, advokát František Polák a takisto Ľubomír T. Vo veci súd na konci februára 2024 uložil dva nepodmienečné tresty odňatia slobody a Arpáša spod obžaloby oslobodil. Arpášovi súd uložil trest odňatia slobody na päť rokov za zločin podplácania a advokátovi Polákovi trest odňatia slobody na 30 mesiacov za prečin podplácania. Rozsudok nie je právoplatný, lebo sa voči nemu na mieste odvolal prokurátor a rozhodnúť má Najvyšší súd SR.
Podľa obžaloby trojica v roku 2017 vydierala majiteľa spoločnosti Podtatranská hydina Konkoľa, ktorý čelil obvineniu z daňovej trestnej činnosti, pričom sa mu vyhrážali väzobným stíhaním, ak im nezaplatí požadovaný finančný obnos. S vydieraním a vyhrážaním údajne pokračovali aj v ďalšom období.