Najviac sa poznal s Jánom Pavlom II., no aj keď sa s pápežom Františkom stretol len niekoľkokrát, nikdy medzi štyrmi očami, práve on mu bol „myšlienkovo a ľudsky najbližší“, povedal Halík v rozhovore pre ta3.
„Pápež si uvedomil, že niektoré veci v cirkvi, ktoré sa nakoniec prejavili množstvom sexuálnych škandálov, nie sú iba zlyhania jednotlivcov, ale že je to zlyhanie celého systému v cirkvi, ktorý on nazval klerikalizmom,“ opísal Halík. Pápež František bol podľa neho „človekom služby“, ktorý si povedal, že klerikálna štruktúra sa v cirkvi tak rozmohla, že je potrebné vykonať hlbokú reformu.

František bol podľa českého kňaza prorok. A ako všetci proroci, aj on narazil. „Nenávisť, ktorá sa zdvihla vo vnútri cirkvi voči nemu, bola obrovská. Práve preto, že to bola veľká, svätá osobnosť, ktorá osvetľovala a pomenúvala veci pravdivo,“ vysvetlil Halík.
Dnešný svet požaduje od cirkvi rôzne veci – uzdravenie rán, múdrosť a schopnosť viesť dialóg. Zdôraznil, že jej hlavnou úlohou je vytvárať mosty medzi ľuďmi s rozdielnymi názormi, tradíciami či duchovnými smermi.

Český duchovný tiež varoval pred spájaním náboženstva s nacionalizmom či populizmom. „Keď niekto začne hovoriť o záchrane kresťanských hodnôt, často ide len o zneužitie viery pre politickú moc,“ upozornil Halík. Slovami pápeža Františka: „Kresťan nemôže byť nacionalista. Kresťanstvo je univerzálne, otvorené, inkluzívne, zamerané na službu ľuďom“.