ÚV SR tiež uvítal, že Benátska komisia uznala potrebu zvýšiť transparentnosť financovania neziskových organizácií, ktorá vychádza aj z odporúčaní rôznych organizácií, ako sú FATF (Finančná akčná skupina – medzivládny orgán, ktorý sa venuje boju proti praniu špinavých peňazí a financovaniu terorizmu, pozn. SITA) či Organizácia pre hospodársku spoluprácu a rozvoj (OECD), a tiež z ustálenej judikatúry Európskeho súdu pre ľudské práva a Súdneho dvora Európskej únie. Úrad vlády ale zásadne odmieta tvrdenie Benátskej komisie, že nová úprava pre mimovládky je neprimeraná, vzhľadom na to, že vyššia miera transparentnosti sa týka len piatich percent zo všetkých registrovaných občianskych združení na Slovensku.
„Benátska komisia sa nevysporiadala s argumentami a záverom uznesenia Ústavného súdu SR, ktorým NEVYHOVEL pozastaveniu účinnosti zákona s konštatovaním, že ľudské práva nie sú zákonom o transparentnosti mimovládok bezprostredne ohrozené. Benátska komisia sa rovnako nedokázala vysporiadať s uznesením Parlamentného zhromaždenia Rady Európy, ktoré konštatovalo, že v pluralitnej demokracii sa výrazne zvýšil vplyv tzv. mimoinštitucionálnych aktérov (napr. NGO, médií a pod.). Ich legitimita je často pochybná, pretože ich mandát nevychádza z celej spoločnosti a reprezentatívnosť je obmedzená a ťažko sa posudzuje, pričom ich skutočný vplyv a autorita môže presahovať ich legitimitu," uvádza ÚV SR s tým, že títo aktéri tiež nepodliehajú žiadnej skutočnej demokratickej zodpovednosti a verejnej kontrole. Nedostatok transparentnosti je podľa neho príležitosťou na mocenské a politické zneužívanie mimovládneho sektora na ovplyvňovanie spoločenskej situácie v krajine.
„Benátska komisia sa dokonca nevysporiadala ani so závermi expertov Rady Európy, ktorí skonštatovali, že požiadavka zverejňovania finančných výkazov pre mimovládne organizácie je legitímnou protihodnotou, k rozsahu poskytovanej finančnej podpory zo štátnych alebo európskych dotačných schém," uviedol ďalej úrad vlády s tým, že principiálne odmieta tvrdenie Benátskej komisie o tom, že akékoľvek nakladanie s finančnými prostriedkami štátu alebo EÚ je kľúčovým prejavom slobody združovania a štát ani verejnosť doň nemajú vstupovať. Podľa ÚV SR je to v príkrom rozpore s princípmi právneho štátu na Slovensku a povinnosťou efektívne nakladať so štátnymi a európskymi zdrojmi, čo vyplýva i z trestného zákona.
„Úrad vlády rovnako odmieta nezrozumiteľnú výhradu Benátskej komisie, aby zákon upravujúci transparentnosť mimovládneho sektora reflektoval výhradne na konkrétne a nie potencionálne hrozby, obzvlášť v čase, keď na Slovensku prebiehajú trestné konania v prípadoch ovplyvňovania volieb zahraničnými aktérmi prostredníctvom mimovládnych organizácií, či ich subvenčných podvodoch s európskymi a štátnymi dotáciami. Na základe uvedeného Úrad vlády SR trvá na nevyhnutnosti a legitímnosti stransparentnenia mimovládneho sektora v podmienkach Slovenskej republiky," uzavrel ÚV SR.
Benátska komisia v súvislosti s týmto zákonom uviedla, že rozsiahle požiadavky a zverejňovanie darcov a transparentnosť, spolu so širokými právomocami na vykonávanie dohľadu a potenciálne prísnymi sankciami, predstavujú výrazné zásahy do práv na slobodu združovania a súkromia podľa Dohovoru o ochrane ľudských práv a základných slobôd a Medzinárodného paktu o občianskych a politických právach. Považuje tiež za nedostatočne predložený legitímny cieľ, na ktorom je spomínaný zákon založený. Opatrenia podľa jej stanoviska ukladajú neziskovým organizáciám zaťažujúce povinnosti a „nepriaznivo ovplyvňujú ich fungovanie neprimeraným spôsobom a chýbajú im primerané záruky“.