Dominikáni sa zatiaľ k celej záležitosti nechcú vyjadrovať, kým trvajú rokovania s univerzitou. Podobne sa vyjadril aj rektor univerzity Ladislav Mirossay. „V súčasnej dobe intenzívne prebiehajú rokovania medzi Univerzitou Pavla Jozefa Šafárika a Dominikánskym konventom. Univerzita predloží svoje stanovisko k nastolenej problematike po uzatvorení výsledných rokovaní,“ komentoval situáciu rektor. Ministerstvo školstva sa zatiaľ situáciou nezaoberá, keďže podľa hovorcu Michala Kaliňáka zatiaľ neevidujú požiadavku univerzity týkajúcu sa botanickej záhrady.
Záhrada by na svoje bezprostredné fungovanie potrebovala zhruba tri hektáre z plochy, ktorú vlastní cirkev. Ibaže za 1,4 hektára by mala univerzita zaplatiť vyše dva milióny eur. Univerzita však peniaze na kúpu pozemkov nemá. Botanická záhrada má na cirkevných pozemkoch vonkajšie expozície. Prednedávnom ponúkla cirkvi na výmenu pozemky v inej časti, no nedohodli sa.
Celý areál záhrady je pre vzácne exponáty vo štvrtom stupni ochrany, preto je tu výstavba zakázaná. Primátor Košíc Richard Raši vyhlásil, že v prípade botanickej záhrady v žiadnom prípade nedôjde k zmene územného plánu, ktorý by jej časť preklasifikoval na stavebné pozemky.