O budúcnosti skládky rozhoduje v unikátne dlhom, 29 mesiacov trvajúcom konaní 13-členná Veľká komora, ktorá rozhoduje len vo výnimočnom počte prípadov. Pezinčanov v spore zastupuje Zuzana Čaputová. Podľa občianskeho združenia Via Iuris je zaujímavosťou prípadu fakt, že Súdny dvor EÚ rozhoduje podľa závažnosti veci v trojčlenných, päťčlenných senátoch alebo rozhoduje 13-členná Veľká komora. Prípad pezinskej skládky rozhoduje práve Veľká komora.
Súdny dvor rozhoduje o veci po tom, ako sa v auguste 2010 kauza vrátila Najvyššiemu súdu na ďalšie konanie. Najvyšší súd vtedy rozhodol o prerušení konania a zároveň odložil vykonateľnosť povolenia na skládku. Súčasne predložil Súdnemu dvoru Európskej únie päť predbežných otázok, ktoré sa týkajú výkladu a aplikácie práva EÚ v kauze Pezinská skládka.
Podľa Najvyššieho súdu SR totiž Ústavný súd vo svojom náleze neprihliadol na európske právo v oblasti ochrany životného prostredia, pričom Najvyšší súd SR je nálezom ústavného súdu viazaný. Rozhodnutie Súdneho dvora Európskej únie bude však záväzné pre Najvyšší súd SR aj Ústavný súd SR.
Jedným z podkladov rozhodnutia Súdneho dvora EÚ je stanovisko jeho generálnej advokátky z apríla 2012. Konštatovala v ňom, že na základe európskeho práva má byť verejnosť informovaná v rannom štádiu prijímania rozhodnutí. Podľa zástupkyne Pezinčanov Zuzany Čaputovej je stanovisko generálnej advokátky v prospech Pezinčanov.
Pezinská skládka je od augusta 2010 uzatvorená a nezaváža sa na základe rozhodnutia Najvyššieho súdu SR, až do rozhodnutia Súdneho dvora EÚ.