Podľa starostu Starého Mesta Radoslava Števčíka bol pôvodný zámer mestskej časti, aby budovu domčeka zverilo hlavné mesto do správy Starého Mesta. S tým mesto nesúhlasilo. Navrhlo prenájom, ale "podmienky sú pre mestskú časť nevýhodné najmä preto, že je tam doba neurčitá s možnosťou výpovede nájomnej zmluvy bez udania dôvodu, čo nepovažujeme pri investícii, ktorá sa pri Mýtnom domčeku očakáva, za férové zo strany magistrátu, a ďalšia vec je, že v prípade, že by aj došlo k takémuto ukončeniu nájomného vzťahu, mesto nie je ochotné nejakým spôsobom vynaložené náklady mestskej časti kompenzovať, aby si ich mestská časť mohla uplatniť ako náhradu škody,“ uviedol hlavné dôvody starosta, prečo sa staromestskí poslanci vyslovili na zasadnutí proti prenájmu domčeka od hlavného mesta. O prenájme Mýtneho domčeka staromestskej samospráve rozhodli bratislavskí mestskí poslanci ešte v júni tohto roka.
“Pokiaľ má mestská časť majetok zverený, tak podľa zákona nakladá s tým majetkom ako s vlastným. To znamená, že môže ho prenajímať, rekonštruovať, sú to jej peniaze a takisto napríklad príjmy z prenájmu toho majetku sú mestskej časti. Ale keď má majetok v nájme, stále je majetkom hlavného mesta, my sme len v pozícii štandardného nájomcu, teda tak ako sú nastavené zmluvné podmienky, iba tak my môžeme s tým majetkom nakladať,“ vysvetlila hlavné rozdiely medzi správou a nájmom vedúca legislatívno-právneho oddelenia Starého Mesta Iveta Hahnová.
Staré Mesto sa tak bude i naďalej uchádzať u Hlavného mesta SR Bratislavy buď o zverenie Mýtneho domčeka do svojej správy alebo o jeho prenájom, ale za výhodných podmienok pre mestskú časť.
V Mýtnom domčeku prevádzkovali od mája 2012 Múzeum colníctva, ktoré sa od 1. júla 2014 dostalo pod správu Finančného riaditeľstva Slovenskej republiky. V rokoch 1918 až 1919 a 1939 až 1944 bol sídlom colnice a v rokoch 1890 až 1944 tam bol Úrad potravinovej dane na čiare, ktorú zabezpečovala finančná stráž v rámci Generálneho finančného riaditeľstva so sídlom v Bratislave. Činnosť múzea pozastavili pre rekonštrukciu Starého mosta.