Prvou záhadou je požiar v telocvični
Dodnes nie je jasné, prečo vlastne po troch dňoch patovej situácia vybuchli v telocvični teroristami obsadenej školy nálože a či ich výbuch skutočne spôsobil následný požiar. Odpálenie náloží medzi viac než tisíckou rukojemníkov totiž v tej chvíli nebolo v záujme ani únoscov, ani vyjednávacích ruských jednotiek. Vyšetrovatelia tvrdia, že výbuch nastal náhodne, napríklad, keď sa jedna z náloží uvoľnila a spadla na podlahu, pravdu sa však zrejme nepodarí nikdy zistiť.
Neobjasnené tiež zostáva, či následný požiar telocvične, kde v plameňoch zomrela väčšina obetí, spôsobil skutočne len výbuch. Aj vyšetrovatelia už teraz pripúšťajú, že jednotky špeciálneho nasadenia použili pri dobývaní školy tajne plameňomety. Tvrdia ale, že sa tak stalo až po tom, čo budovu opustili poslední rukojemníci. Odborníci vraj tiež dokázali, že použitie plameňometu nemohlo spôsobiť taký požiar, aký zúril v telocvični. Niektorí pozostalí takým tvrdeniam dodnes odmietajú veriť. Napokon prítomnosť troch tankov, ktoré svedkovia videli v uliciach Beslanu, a ich streľbu na školu tiež velitelia zásahu najprv popierali.
Druhou záhadou je oslobodzovací útok
Jasné nie je navyše ani to, či bol oslobodzovací útok tretieho septembra plánovaný. Nezdá sa to ale pravdepodobné, pretože v čase výbuchov a následne chaotickej oslobodzovacej operácie bola veľká časť ruských špeciálnych jednotiek v inej severoosetskej osade, kde na podobnej budove nacvičovala útok. Pridala sa až po chvíli, keď sa do akcie zapojili rodičia a príbuzní so zbraňami v ruke.
Treťou záhadou je spolupráca riaditeľky školy s teroristami
Veľké emócie vzbudzuje aj možná spolupráca riaditeľky školy, 70-ročnej Lidie Calijevovej, s teroristami. Už od obsadenia budovy existujú výpovede, že teroristi našli svoje zbrane pripravené v základoch školy, očitý svedok, ktorý by videl, ako si odtiaľ zbrane berú, sa ale nenašiel. Napriek tomu riaditeľku školy v Beslane nenávidia.
Štvrtou záhadou sú požiadavky či zámer teroristov
Príbuzní mŕtvych nemajú v obľube ani politikov, počínajúc prezidentom Vladimirom Putinom. Nie je ale jasné, či bolo v ich moci požiadavky teroristov vôbec splniť. Zdá sa totiž, že oni sami nemali príliš jasno, čo vlastne chcú dosiahnuť. Svoj diel viny podľa niektorých pozostalých nesú aj milicionári, ktorí v prísne stráženej severokaukazskej republike nedokázali objaviť, zastaviť a zneškodniť nákladný automobil plný po zuby ozbrojených teroristov. Mnohí v tejto súvislosti hovoria o uplácaní.
Najväčším otáznikom ale zostáva, prečo sa celá tragická akcia vôbec odohrala. Verzií je niekoľko, od úsilia čečenských separatistov vedených Šamiľom Basajevom dosiahnuť odchod ruských vojsk z Čečenska po snahu znovu rozpútať ozbrojený konflikt na celom ruskom severnom Kaukaze.