O mŕtvych len dobre. Keď však oznámil kandidatúru v prezidentských voľbách 1986, rozpútala sa pre jeho zatajené pôsobenie v druhej svetovej vojne jedna z najväčších afér v modernej histórii štátu.Tá urobila z neho „osamelého muža v Hofburgu“, písala tlač, ktorá s pomocou sociálnych demokratov zverejnila, že Waldheim pôsobil ako spojka generálneho štábu v armádnej skupine E na Balkáne. Dostával správy, spracúval a posúval ich ďalej. Vedel o zločinoch. Ľudovci, ktorí Waldheima podporovali, vyhlasovali, že si nedajú diktovať, koho zvoliť.
„Sociálni demokrati sa pokúsili vytiahnuť tmavé body z jeho životopisu. Prvou otázkou bolo, či bol Waldheim vojnový zločinec a niečo zatajil preto, že zločiny páchal. Možno ju poprieť. K takému výsledku dospela v roku 1988 aj medzinárodná komisia historikov,“ povedal Pravde historik Werner Suppanz z univerzity v Grazi.
Dňa 8. júna 1986 Rakúšania Waldheima zvolili za hlavu štátu. „Izrael stiahol veľvyslanca a diplomatické vzťahy Rakúska s inými štátmi boli na najnižšej úrovni. Izolácia však nebola taká výrazná, ako keď sa dostali roku 2000 do vlády slobodní Jörga Haidera,“ povedal Suppanz. Od roku 1987 nemohol Waldheim vstúpiť na pôdu USA. Zostal prezidentom len jedno funkčné obdobie. Občas prednášal a pôsobil v Rakúskej lige OSN.
Jeho zvolenie však malo aj klady. „Diskusia o rakúskej minulosti získala novú kvalitu. Viedeň, ktorá s Nemeckom kolaborovala, tvrdila, že so zverstvami nacizmu nemala nič. Waldheim však svojím výrokom o "plnení si povinností vo vojne, tak ako státisíce iných“, spôsobil, že teória o Rakúsku ako obeti už nemala takú podporu," vysvetlil Suppanz. Rakúsko sa tak diskusiou a očistným procesom posunulo ďalej.
