Alexij II. viedol cirkev od smrti svojho predchodcu Pimena v roku 1990. Bol šestnástym patriarchom ale prvým, ktorého do funkcie zvolili bez tlaku sovietskych úradov.
Narodil sa v estónskej metropole Tallin ako Alexej Ridiger, v roku 1949 dokončil pravoslávny seminár vo vtedajšom Leningrade. Keď sa stal patriarchom presadzoval práva cirkvi a slobodu vyznania, staval sa však proti pôsobeniu katolíckych misionárov v bývalých sovietskych republikách.