V roku 1991 sa od multinárodného zoskupenia odtrhlo Slovinsko, čo dominujúci Srbi nechali bez väčšieho povšimnutia. Skutočné problémy vyvolali až následné snahy vlády v chorvátskom Záhrebe a bosnianskom Sarajeve o opustenie Juhoslávie. Vo oboch krajinách totiž žili početné srbské menšiny a vláda v Belehrade poukazovala na porušovanie ich práv. Srbi preto odmietli akceptovať tento krok a vtedajší srbský prezident Slobodan Miloševič tvrdo podporoval zachovanie juhoslovanskej územnej celistvosti všetkými prostriedkami vrátane ozbrojeného boja.
Rozhodujúcu úlohu v rozpútaní vojny zohralo bosnianske referendum z februára 1992, v ktorom sa obyvatelia prevažne moslimskej krajiny vyslovili za vyhlásenie nezávislosti od Juhoslávie. Bosnianski Srbi plebiscit bojkotovali a vyhlásili vlastnú republiku.
Krátko po vyhlásení samostatnosti bosnianskosrbské jednotky vedené generálom Ratkom Mladičom s podporou bosnianskosrbského prezidenta Radovana Karadžiča začali konať v záujme zaistenia srbského územia. To bolo spúšťačom konfliktov po celej krajine, ktorých súčasťou boli aj kruté etnické čistky na jednotlivých územiach, predovšetkým na východe Bosny.
Sarajevo – jeden zo smutných symbolov vojny na Balkáne
Balkánsku vojnu smutne preslávilo predovšetkým takmer štvorročné obliehanie bosnianskej metropoly Sarajevo a masakra tisícov bosnianskych moslimov v Srebrenici Mladičovými jednotkami. Kľúčovými postavami konfliktu boli okrem Karadžiča, Mladiča a Miloševiča aj chorvátsky prezident Fraňo Tudžman a jeho bosniansky náprotivok Alija Izetbegovič. Najväčšiu zodpovednosť za zverstvá páchané na civilnom obyvateľstve sa pripisuje Srbovi Vojislavovi Šešeljovi. Kým Miloševič zomrel v haagskom väzení, Mladič, Šešelj a Karadžič čelia obvinenia z vojnových zločinov a hrozí im doživotné tresty.
Vojna na Balkáne sa skončila v decembri 1995 podpisom Daytonskej dohody v americkom štáte Ohio. Tá bola výsledkom veľkého tlaku medzinárodného spoločenstva, ktorého súčasťou boli aj nálety NATO na bosnianskosrbské ciele. Podľa oficiálnych údajov si konflikt vyžiadal viac ako 100-tisíc obetí a o svoje domovy prišli viac ako dva milióny ľudí. Celkovo bolo za svoju úlohu v najväčšom európskom konflikte od druhej svetovej vojny odsúdených 45 Srbov, 12 Chorvátov a štyria Bosniaci