To má s Egyptom napäté vzťahy najmä od júla 2013, keď sa oficiálnym Mursího nástupcom stal generál Abd al-Fattáh as-Sísí. Katar pritom v minulosti Mursího podporoval. Prípad môže súvisieť s nedávnym uväzneným troch novinárov katarskej televíznej stanice al-Džazíra, ktorých uznali vinným z podpory terorizmu tým, že údajne zverejnili informácie ohrozujúce egyptskú národnú bezpečnosť. V obvinení voči Mursímu sa uvádza, že tajné dokumenty odovzdal práve prostredníctvom pracovníkov al-Džazíry. Tá to jednoznačne odmieta.
Exprezident Mursí sa v súčasnosti nachádza vo väzení spoločne s ďalšími tisíckami členov dnes už zakázaného Moslimského bratstva. Stovkám z nich už pritom egyptské súdy vymerali tresty smrti. Samotného Mursího súdia v rámci viacerých procesov. Obvinený je z vyvolávania násilia voči demonštrantom protestujúcim v roku 2012 pred jeho palácom ale aj podielu na vraždách strážnikov počas jeho úteku z väzenia počas povstania proti jeho predchodcovi Husnímu Mubarakovi.