Túto verziu môže podľa Navaľného vyvrátiť len rýchle objasnenie zločinu a dolapenie nielen vykonávateľov, ale aj objednávateľov Nemcovovej vraždy.
„Myslím si, že Nemcova zabili členovia vládnej (tajnej služby) alebo provládne organizácie na príkaz politického vedenia krajiny (vrátane Vladimira Putina),“ napísal Navalnyj na svojom webe. Pripustil, že príkaz nemusel byť priamy, vraj mohlo ísť o pokyn „vykonať akciu s veľkým ohlasom“.
Podľa Navaľného možno v posledných mesiacoch v Rusku pozorovať organizovanú výstavbu provládnych extrémistických a teroristických skupín, typu hnutie Antimajdan, ktoré otvorené za svoju úlohu označujú boj s opozíciou „tam, kde polícia nemôže“. Tieto organizácie podľa Navalného nevznikajú v reakcii na „nevypovedaný dopyt“, ale „vytvárajú sa na poradách v Kremli“.
Vražda opozičného politika, ktorého zastrelili v noci na sobotu, podľa Navaľného vyhovovala režimu, ktorý potrebuje kompenzovať ekonomické ťažkosti politickú kontrolou, rastúcim strachom a násilím. Navyše Nemcov vraj patril k politikom, ktorí robili Kremľu najväčšie ťažkosti. Za alternatívu k tejto hypotéze Navaľnyj považuje len „regionálnu alternatívu“, pretože Nemcov pil krv tiež „miestnym podvodníkom“ v Jaroslavli, kde bol zvolený za poslanca oblastného snemu a kde odhaľoval machinácie miestneho vedenia.
„Môžem sa mýliť? O svojej verzii som presvedčený, ale chybovať môžu všetci. Jediné, čo môže poprieť moju verziu, je rýchle objasnenie vraždy s odhalením nielen vykonávateľov, ale aj objednávateľov,“ zdôraznil Navaľnyj, považovaný v súčasnosti za zrejme najvážnejšieho Putinovho oponenta na ruskej scéne.
Navaľnyj sa nemohol zúčastniť Nemcovovho pohrebu, pretože mu súd odmietol prerušiť výkon trestu 15 dní väzenia uložený za narušenie verejného poriadku.
Pred časom navaľného odsúdili k dvom podmienečným trestom za údajné podvody a spreneveru. Opozičník považuje všetky procesy a tresty za vykonštruované a tvrdí, že sa ho Kremeľ snaží týmto spôsobom umlčať. Kvôli právoplatnému odsúdeniu sa bloger nesmie v roku 2018 zúčastniť prezidentských volieb.
Navaľnyj na prelome rokov 2011 a 2012 patril k hlavným vodcom masových demonštrácií proti Putinovmu režimu.