Vyšetrovací výbor, ktorý je ruskou obdobou americkej FBI, Chodorkovského v neprítomnosti obvinil z nariadenia vraždy nepohodlného starostu západosibirského Neftejugansku z roku 1998. Starosta vraj požadoval od ropného koncernu Jukos, ktorý Chodorkovskij riadil, aby vyplatil štátu nepriznané dane.
Chodorkovskij má podľa vyšetrovateľov aj podiel na smrti telesného strážcu podnikateľa Jevgenija Rybina. Stalo sa tak údajne pri jednom z pokusov zabiť Rybina v rokoch 1998 až 1999. Pri streľbe sa vtedy tiež zranilo niekoľko ďalších ľudí.
Chodorkovskij dlhodobo žije vo Švajčiarsku a momentálne sa pravdepodobne zdržiava v Londýne. Celý prípad odmieta ako politicky motivovanú frašku a vydania do Ruska sa nijako neobáva. Teraz 52-ročný magnát bol v minulosti považovaný za možného vážneho politického konkurenta Putina.
V roku 2003 ho zatktli a neskôr odsúdili na mnohoročné väzenie za daňové úniky a spreneveru. Na základe prezidentskej milosti sa v decembri 2013 dostal na slobodu.
Bývalý oligarcha a väzeň pripisuje terajšie stíhanie tomu, že prezident Vladimir Putin v ňom vidí hrozbu pre parlamentné voľby v budúcom roku. Znamená to tiež, že nie je možný žiaden kompromis s režimom. „Som presvedčený, že neubehne ani desať rokov a režim sa zmení. Moje snahy v tom zohrajú významnú úlohu,“ povedal v stredu stanici BBC.
V utorok ruská polícia prehľadala kancelárie dobročinnej nadácie Otvorené Rusko, ktorú Chodorkovskij založil a spravuje. Nadácia vznikla v roku 2001 a členmi jej vedenia boli okrem Chodorkovského napríklad aj veterán americkej politiky Henry Kissinger alebo podnikateľ Jacob Rothschild.
Na vrchole svojich aktivít mala nadácia v Rusku päťdesiat pobočiek, po Chodorkovského uväznení nasledoval útlm. Svoju činnosť nadácia obnovila vlani.