Mušaraf je však stíhaný v rade ďalších prípadov – okrem iného čelí podozreniu z porušenia ústavy a vlastizrady kvôli tomu, že v roku 2007 odvolal vysoko postaveného sudcu a vyhlásil výnimočný stav. Za to mu hrozí trest smrti. Bývalý prezident všetky obvinenia odmieta ako politicky motivované.
Protiteroristický súd v meste Kvéta na juhozápade Pakistanu v pondelok prejednával prípad vraždy separatistického lídra Bugtího. Mušaraf čelil obvineniu, že nariadil Bugtího zneškodniť pri vojenskom ťažení proti rebelom v najväčšej pakistanskej provincii Balúčistan.
Separatisti v Balúčistane bojujú od roku 2004 za úplnú autonómiu tohto územia a za väčší podiel miestnych obyvateľov na nerastných zdrojoch tejto provincie, ktorá je bohatá na ropu a zemný plyn. Mušarafov obhajca Achtar Šáh uviedol, že súd prijal jeho argument, že exprezident nemá so smrťou Bugtího nič spoločné. Obhajca Bugtího rodiny vyhlásil, že sa proti verdiktu odvolá.
Bývalý pakistanský prezident Mušaraf čelí aj ďalším obvineniam. Okrem obvineniu z vlastizrady je obvinený z podielu na vražde niekdajšej premiérky Bénazír Bhuttovej v roku 2007 a z účasti na smrti radikálneho duchovného Abdula Rašída Gházího, ktorý zomrel počas vojenského obliehania Červenej mešity v centre metropoly Islamabad v roku 2007.
Mušaraf, ktorý Pakistanu vládol v rokoch 1999 až 2008, sa do vlasti vrátil v marci 2013 po takmer piatich rokoch v exile, aby kandidoval vo voľbách. Volebná komisia mu však kandidovať neumožnila a politik namiesto toho zatkli. Odvtedy zotrvával prevažne v domácom väzení vo svojej luxusnej vile na predmestí Islamabadu. Po zložení kaucie čaká na súd na slobode.