Mursí a ďalšie desiatky osôb dostali trest smrti za organizáciu hromadného úteku z väzenia v roku 2011. V inom procese bol poslaný za mreže na 25 rokov za sprisahanie s palestínskym hnutím Hamas a libanonským Hizballáhom s cieľom destabilizovať Egypt.
V ďalšom konaní ho súd zbavil slobody na 20 rokov za podnecovanie k násiliu pri incidentoch, ku ktorým došlo počas jeho vlády. Čelil tiež obvineniam zo špionáže, pretože údajne poskytol Kataru štátne tajomstvo a dôverné dokumenty.
Mursí z momentálne zakázaného Moslimského bratstva bol prvým demokraticky zvoleným prezidentom po revolúcii v roku 2011, ktorá otriasla Egyptom v rámci takzvanej arabskej jari. Krajinu ale viedol podľa zásad islamistov, čo viedlo k početným protestom liberálnych Egypťanov.
Po vlne protivládnych demonštrácií v lete 2013 zvrhol Mursího vojenský puč, ktorý viedol súčasný prezident Abdal Fattáh SíSí. Súčasný režim tvrdo zakročil proti Moslimskému bratstvu. V súčasnosti je skupina v Egypte radená k teroristickým organizáciám, tisíce jej členov a stúpencov sú vo väzení a pri procesoch s nimi padajú vysoké tresty.