O jeho sexuálnej orientácii však vznikli pochybnosti, zvlášť vzhľadom na niektoré neoverené informácie zo súkromného života. Spočiatku sa neukazoval na verejnosti so žiadnou ženou po svojom boku. Ani ako poradca v Elyzejskom paláci, ani keď sa stal v auguste 2014 ministrom hospodárstva. V parížskych kruhoch sa šuškalo, že zrejme udržiava tajný vzťah s nejakým mužom.
Manželku Brigitte, ktorá si vtedy želala žiť v ústraní, preto konečne zobral so sebou na verejnosť. Bolo to v lete 2015, keď sa v Paríži vybrali na štátnu večeru na počesť španielskeho kráľa Felipeho, ktorý prišiel na návštevu Francúzska. Médiá sa následne začali zaujímať o manželstvo Macronovcov. Zverejňovali teraz už známy príbeh stredoškoláka Emmanuela, ktorý sa zaľúbil do svojej učiteľky Brigitte Trogneuxovej, s ktorou zostal natrvalo.
Nie je to však len zástierka, keď sa vedú za ruku? Veď nemajú potomka. Macron vysvetlil, že jeho láska porodila v prvom manželstve tri deti, a tak sa dohodli, že spolu už nebudú mať ďalšie. Fámy o homosexualite oživil začiatkom tohto roku konzervatívny poslanec Nicolas Dhuicq.
Jasne naznačoval, že Macron je gej alebo prinajmenšom bisexuál. Zjavná snaha zobraziť ho ako pokryteckého prezidentského kandidáta v očiach homofóbnych voličov. Dhuicq ukazoval na vplyvné kruhy homosexuálov – podľa neho sa stal Macron ich nastrčenou figúrou.
Nitky mal poťahovať Pierre Bergé, bohatý priemyselník, ktorý ako jeden z prvých vplyvných podporil Macrona pred prezidentskými voľbami. (Bergé mal homosexuálny vzťah so svetoznámym módnym tvorcom Yves Saint Laurentom.) Tvrdenie o „teplom komplote“ multimilionára s politikom má však trhlinu. Ľavicovo zameraný Bergé pôvodne plánoval podporiť vo voľbách expremiéra Manuela Vallsa.
Ten však v primárkach socialistov prehral s Benoîtom Hamonom. „Socialistická strana je mŕtva, je to jej koniec,“ komentoval Bergé výhru Hamona, ktorý predstavil volebný program s prvkami hraničiacimi s komunizmom. V danej situácii Bergé nevidel iné riešenie, ako podporiť Macrona.