Doktor Afrídí bol podľa svojich právnikov odsúdený za vlastizradu a spoluprácu s islamskými radikálmi. Skutočným dôvodom bola však podľa agentúry AP jeho práca pre americkú Ústrednú spravodajskú službu (CIA) vedúca k dolapeniu hľadaného teroristického vodcu.
Afrídí pre CIA viedol falošný očkovací program, ktorý mal Američanom pomôcť vystopovať šéfa teroristickej siete al-Kájda v pakistanskom meste Abbottábád. Vďaka tejto spolupráci, ktorú Afrídího právnik na súde popieral, americká armáda bin Ládina v máji 2011 zlikvidovala.
Afrídí bol následne zadržaný a v máji 2012 odsúdený na 33 rokov väzenia. Ako poznamenala agentúra AFP, keď v roku 2016 Spojené štáty pohrozili, že zmenšia pomoc poskytovanú Pakistanu, tamojší súd rozhodol, že Afrídímu zníži trest o desať rokov. Vo väznici v Pešávar žil na samotke.
Podľa predstaviteľa väznice, ktorý si kvôli citlivosti prípadu neželal byť menovaný, previezli lekára v noci na piatok agenti spravodajských služieb na neznáme bezpečnejšie miesto. Na otázku, čo bolo dôvodom, dodal: „Písomne mi oznámili, že ho presúvajú z bezpečnostných dôvodov.“ Presun Afrídího potvrdil aj jeho brat.
Terajší americký prezident Donald Trump počas svojej predvolebnej kampane vyhlasoval, že nariadi Pakistanu, aby Afrídího prepustil. „Som si istý, že ho pustia. Posielame do Pakistanu veľa pomoci,“ povedal vtedy televízii Fox News. Jeho komentáre vtedy v Pakistane vyvolali pobúrenie. Tamojší minister vnútra Trumpa skritizoval a uviedol, že „to bude pakistanská vláda a nie Donald Trump“, kto rozhodne o Afrídího osude.